使用kraken2进行数据分析工作的一些总结

环境准备

500GB以上的ubuntu18.04
(library原本总共就有200多个GB 而我怀疑解压时生成的tmp文件会占用很多内存 还有taxonomy)
获得kraken2-master后安装命令为：

sudo ./install_kraken2.sh $install_dir

这里的install_dir自行设置

ubuntu环境下需要配置好cmake,gcc,g++。同时由于需要安装kraken2命令因此需要先安装上anaconda，然后配置conda环境kraken2

安装anaconda

使用firefox浏览器进入Anaconda官网：https://www.anaconda.com/


然后使用bash命令安装Anaconda

bash $anaconda-xxx.sh

这里的$anaconda-xxx.sh对应具体版本的anaconda的sh文件

阅读并接受安装协议，最后一步要注意
“Do you wish the installer to initialize Anaconda3 by conda init?[yes|no]”
这里是配置conda环境变量的地方，一定要回答yes，才是最终完成了anaconda的ubuntu系统配置。

然后使用

conda create -n kraken2 python=3.7
conda activate kraken2
pip install kraken2

完成kraken2环境配置
还有可能存在pip源不包含kraken2库的情况，我试着给pip换源却发现毫无成效，于是我给conda换源，然后使用以下命令进行换源。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes

换源完成后我使用

conda install -y kraken2

conda install -y bracken

这样做安装必要的库.

安装数据库并完成索引

需要注意的是bacteria数据库很大，然后解压操作会占据很多空间，因此虚拟机要用500GB空间。

kraken2-build --download-library archaea --threads 24 --db dbdir
kraken2-build --download-library bacteria--threads 24 --db dbdir
kraken2-build --download-library viral--threads 24 --db dbdir

下载物种注释

下载索引文件

一些离谱的杂活

最搞笑的是装这个虚拟机所需要的kraken2库的时候，一度虚拟机无法开机，后来是从开机一直按住Shift 然后安全启动解决这个问题。
然后又遇到虚拟机断网，使用桥接模式解决此问题。