kraken2安装+使用（超详细）

lj_learn

已于 2023-12-22 16:11:01 修改

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文章标签：服务器

于 2023-12-22 16:10:47 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_50542529/article/details/135155238

版权

[lijing@master ~]$ cd lijing202110
[lijing@master lijing202110]$ mkdir kraken2
[lijing@master lijing202110]$ cd kraken2
[lijing@master kraken2]$ conda install -y kraken2

在这里插入图片描述

##Wget下载文件并解压
[lijing@master kraken2]$ wget https://github.com/DerrickWood/kraken2/archive/master.zip
[lijing@master kraken2]$ unzip master.zip

在这里插入图片描述

[lijing@master kraken2]$ ll
总用量 224
drwxrwxr-x 2 lijing lijing     10 10月 19 11:06 kraken2
drwxrwxr-x 6 lijing lijing    241 5月  10 14:11 kraken2-master
-rw-rw-r-- 1 lijing lijing 227378 10月 19 11:01 master.zip
[lijing@master kraken2]$ cd kraken2
[lijing@master kraken2]$ ll
总用量 0
[lijing@master kraken2]$ cd ..
[lijing@master kraken2]$ cd kraken2-master
[lijing@master kraken2-master]$ ll
总用量 32
-rw-rw-r-- 1 lijing lijing 5786 5月  10 14:11 CHANGELOG.md
-rw-rw-r-- 1 lijing lijing  618 5月  10 14:11 CMakeLists.txt
drwxrwxr-x 2 lijing lijing  310 5月  10 14:11 data
drwxrwxr-x 2 lijing lijing  165 5月  10 14:11 docs
-rwxr-xr-x 1 lijing lijing 1265 5月  10 14:11 install_kraken2.sh
-rw-rw-r-- 1 lijing lijing 1084 5月  10 14:11 LICENSE
-rw-rw-r-- 1 lijing lijing 2258 5月  10 14:11 README.md
drwxrwxr-x 2 lijing lijing 4096 5月  10 14:11 scripts
drwxrwxr-x 2 lijing lijing 4096 5月  10 14:11 src
[lijing@master kraken2-master]$ ./install_kraken2.sh /home/lijing/lijing202110/kraken2/kraken2

在这里插入图片描述
Kraken 2 installation complete.

To make things easier for you, you may want to copy/symlink the following
files into a directory in your PATH:

  /home/lijing/lijing202110/kraken2/kraken2/kraken2
  /home/lijing/lijing202110/kraken2/kraken2/kraken2-build
  /home/lijing/lijing202110/kraken2/kraken2/kraken2-inspect

[lijing@master kraken2-master]$ ll

配置环境变量：
在这里插入图片描述

安装完成：

版本：

Kraken2说明：

/home/lijing/lijing202110/kraken2/kraken2
/home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/20211018
/home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/20211019

创建标准库：

[lijing@master kraken2]$ mkdir -p /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/20211018
[lijing@master 20211018]$ kraken2-build --standard --threads 24 --db /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/20211018

在这里插入图片描述
还是有问题：
重建标准库：

出现结果显示：rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?) for https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/762/265/GCF_000762265.1_ASM76226v1
解决上面出现的问题：https://github.com/DerrickWood/kraken2/issues/508

后台下载：

[lijing@master kraken2]$ nohup kraken2-build --use-ftp --standard --threads 24 -                       -db /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/standard &

可用 jobs -l 进行窗口查看
使用ps 和top关闭窗口后进行查看
在cd的文件中出现说明文件：
在这里插入图片描述
还是出现问题：
gzip: nucl_gb.accession2taxid.gz: invalid compressed data–format violated

1.上面出现问题：建立个人库：

/home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/private

下载taxonomy分类学注释：
先下载真菌库:
在这里插入图片描述
Viral：

建立索引：

2.建立非标准的most库失败：

3.建立标准库：分别下载古菌archaea、细菌bacteria、人类human、载体UniVec_Core、病毒viral这些库然后再下索引：

结果：因为标准库较大，可以被分类的序列更多，2%左右被分类
在这里插入图片描述

用个人库private(个人库里有viral和fungi)进行测试fasta文件（27.6m）：

[lijing@master private]$ kraken2 --db /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/private /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_test.fa

在这里插入图片描述

用个人库private测试fastq文件（45.8m）：

结果：因为库比较小只有较少的序列被分类

结果: 输出classify序列和unclassify序列以及一个.kraken文件

[lijing@master ~]$ kraken2 --db /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/private --fastq-input /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_test.fq --classified-out /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_test/output_classify --unclassified-out /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_test/output_unclassify> /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_test/NY_test.kraken

在这里插入图片描述

输出结果：

输出报告：三个文件

用标准库测试原始raw_fastq.gz文件：

(base) [lijing@master ~]$ kraken2 --threads 10 --db /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/standard  --fastq-input --gzip-compressed /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_rawdata.fq.gz --classified-out /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_raw/output_classify --unclassified-out /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_raw/output_unclassify> /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_raw/NY_raw.kraken

结果：有77%被识别
在这里插入图片描述
报告输出：

(base) [lijing@master NY_raw]$ cat /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_raw/NY_raw.kraken | head -n 20
或(base) [lijing@master NY_raw]$ sed -n '1,20p' /home/lijing/lijing202110/20211019test-data/NY_raw/NY_raw.kraken

查看前20行
在这里插入图片描述
其他：
测试文件上传：
使用psftp失败：

使用filezilla进行上传：

打开即可上传：

转换fastq-fasta格式：

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta

失败的情况：
中途断掉似乎下不了文件：
在这里插入图片描述
查看数据库的情况：

[lijing@master ~]$ kraken2-inspect --db /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/private    | head -5

在这里插入图片描述
附加：
写在结尾中的情况：

https://ccb.jhu.edu/software/kraken2/index.shtml?t=downloads
查看内存所占大小：

[lijing@master standard]$ du -bsh /home/lijing/lijing202110

在这里插入图片描述
建好标准库需要standard需要199g：

[lijing@master ~]$ du -bsh /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/standard
199G    /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/standard

在这里插入图片描述
去掉后台的某个任务：
去掉某个任务用kill -9 任务名，可以去掉某个任务
[lijing@master ~]$ kill -9 106825

使用[lijing@master ~]$ rm -rf /home/lijing/lijing202110/kraken2/db/kraken2/standard/library，删除文件夹