生信物种注释软件Kraken2+Bracken的安装与使用

最新推荐文章于 2024-03-26 20:27:45 发布
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一、软件安装与数据库下载
1.Kraken2安装
Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。
使用conda一键安装，要先安装好anaconda或者miniconda

conda install -y kraken2

输入krakek2 --help 出现如下所示帮助文档，则表示安装成功。在这里插入图片描述
2.Bracken安装
bracken是一种从宏基因组数据中高度准确的计算物种丰度的统计方法。
同样使用conda一键安装

conda install -y bracken

输入bracken -h
出现以下help文档，则说明安装成功

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jl老弟
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专栏目录
Kraken2+Bracken（Kraken2联合Bracken宏基因组物种注释）
Spume_li的博客
07-03 1万+
1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网 Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN)是一种高精度统计方法，结合Kraken可以实现高准确度的宏基因组测序数据物种分类分析。 Bracken官网 Kraken和Bracken的更多介绍可以参考：宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用 2. 软件安装和数据库下载 Krak
Bracken:蕨菜（用KrakEN进行贝叶斯丰度估计）是一种高度精确的统计方法，可以从宏基因组学样本中计算DNA序列中物种的丰度。
05-04
蕨菜2.6丰度估计 有关蕨菜的新闻，更新和说明，请访问： : Bracken的同行评审论文（2017年1月2日发布）： ： 安装 Bracken是Kraken 1或Kraken 2的配套程序，而Kraken在分类树中将读取分类为多个级别，而Bracken允许使用这些分类在单个级别上估计丰度（例如Bracken可以估计样本中物种的丰度）。 在安装Bracken之前，请先安装Kraken：可从此处下载Kraken： ： 轻松安装Bracken： bash install_bracken.sh 硬蕨安装： cd src/ && make Add bracken/bracken-build and scripts in src/ to your PATH 重要信息：蕨菜与MPA风格的报告不兼容。 Bracken需要kraken / kraken2中的默认报告格式。 蕨菜2.5.
Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释
m0_53945548的博客
10-16 1900
Bracken+Kraken2免费教学你爱了么
8.windows ubuntu 子系统：karken2，bracken微生物物种注释
weixin_69558614的博客
03-26 662
第四种方法为 在windows环境下登录官网https://benlangmead.github.io/aws-indexes/k2下载自己想要的数据库，官网中有诸多类型的数据库。: 指定输出详细报告文件的名称为 A1.bracken.S.kreport，该文件包含了对每个分类水平的物种丰度估计结果。: 指定输出文件的名称为 A1.kraken，该文件包含了每个 reads 的分类结果。: 指定输出文件的名称为 A1.bracken.S，该文件包含了物种丰度的估计结果。官网里面有很多已经做好的数据库。
kraken2安装+使用（超详细）
m0_50542529的博客
12-22 2334
kraken2安装+使用（超详细）
宏基因组 kraken2 + bracken 使用方法，& --memory-mapping 如何瞬间 加载内存中的文件
dujidan的博客
08-09 1580
如何预加载内存文件，例：kraken2 --loading memorkraken2的基本使用方法，瞬间 加载内存中的文件参考 kraken2的基本使用方法， # kraken用于分类 cat ${TOOLDIR}/configure/kraken2.cfg | xargs \ kraken2 \ --threads ${thread} \ --db $krakendb \ --classified-out $outdir/kraken/${sample}.classified.f
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使用kraken2进行数据分析工作的一些总结
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06-27 1086
500GB以上的ubuntu18.04(library原本总共就有200多个GB 而我怀疑解压时生成的tmp文件会占用很多内存 还有taxonomy)这里的install_dir自行设置ubuntu环境下需要配置好cmake,gcc,g++。同时由于需要安装kraken2命令因此需要先安装上anaconda，然后配置conda环境kraken2。
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刘永鑫的博客——宏基因组公众号
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