R语言怎么根据不同品种筛选个体？

不同种类下的个体ID “sample.txt”

我是R语言刚入门不久的新手，求教各位专家老师，望赐教！！

如图，如何根据2113个不同个体ID与146个不同种类，聚类筛选出146个包含不同种类的所有个体ID的子集？

是使用for循环或是apply？
具体应该怎么写code？

eg.我自己用了个很蠢的方法
ARCR<-as.character(sampledata[(1:9),2]) #得到的第一个种类下的所有个体ID

我又做了以下尝试：

Popname<-as.character(levels(sampledata$PopName))

indList<-as.character(sampledata$IndividualName)

n<-length(indList) #n=2113

m<-length(Popname) #m=146

for(i in 1:n){
for(j in 1:m)｛
x[i]<-which(indList[j]==Popname[i])
｝
｝ # 肯定是错的！

原谅我水平有限，for循环还不会使用，更别说apply。
希望大家能指点一二！