postgwas r语言_笔记 | GWAS 操作流程2-2：性别质控

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这个章节，主要是人类性别的信息的质控，主要是根据性染色上SNP的比值，判断性别，然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息。对其它物种参考意义不大，因为在动物中一般把性别信息的SNP去掉，植物中一般都是雌雄同体的，不涉及到这个问题，之所以会有这一篇，是因为原文中有这个信息，而且plink 也有--check-sex的参数，所以操作一下，留下笔记。

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「原理：」检查性别差异。先验信息，女性的受试者的F值必须小于0.2，男性的受试者的F值必须大于0.8。这个F值是基于X染色体近交(纯合子)估计。不符合这些要求的受试者被PLINK标记为“PROBLEM”。

「上一步，去掉缺失信息后，现在有文件是过滤缺失后的文件：」

HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.fam HapMap_3_r3_5.irem

HapMap_3_r3_5.bim HapMap_3_r3_5.hh HapMap_3_r3_5.log

1. 检查性别冲突

plink --bfile HapMap_3_r3_5 --check-sex

结果文件：plink.sexcheck第一列为家系ID，第二列为个体ID，第三列为系谱中的性别，第四列为SNP推断的性别，第五列是否正常，第六列为F值。

「使用R语言作图：」

gender

pdf("Gender_check.pdf")

hist(gender[,6],main="Gender