跟着Nat Commun学作图 | Post-hoc图（Extended error bar plot）

跟着Nat Commun学作图 | Post-hoc图（Extended error bar plot）

Ling N, Wang T, Kuzyakov Y. Rhizosphere bacteriome structure and functions. Nat Commun. 2022;13(1):836. Published 2022 Feb 11. doi:10.1038/s41467-022-28448-9

读图

条形图反映了每个物种丰度的平均值和标准误(SE)。点图代表在 95% 置信区间 (CIs) 下根际和大块土壤细菌多样性之间效应大小的百分比变化。平均效应大小值 < 0 表示大块土壤细菌群落的多样性更大（黄点；根际枯竭），而平均值 > 0 反映根际细菌群落的多样性显着更大（蓝点）。误差线和零线的交点表明根际和大块土壤中的细菌群落之间没有显着差异（空心点）。

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绘制

数据准备

rm(list = ls())
## 导入数据
data <- read.table("matrix.txt",header = TRUE,row.names = 1,sep = "\t")
group <- read.table("group.txt",header = TRUE,sep = "\t")
library(tidyverse)
# 过滤掉平均丰度低于1的物种或基因
data <- data %>% filter(apply(data,1,mean) > 1)

data <- t(data)
# 分组按表达矩阵排序 以便合并
row.names(group) <- group$sample
group <- group[row.names(data),]
data1 <- data.frame(data,group$group)
colnames(data1) <- c(colnames(data),"Group")
data1$Group <- as.factor(data1$Group)

统计检验