文献阅读：单细胞分辨率下人类前额皮层从妊娠到成年的基因调控动态

文献介绍

文献题目： 单细胞分辨率下人类前额皮层从妊娠到成年的基因调控动态
研究团队： Ryan Lister（澳大利亚西澳大学）
发表时间： 2022-11-10
发表期刊： Cell
影响因子： 66.8（2022年）
DOI： 10.1016/j.cell.2022.09.039

摘要

人类大脑发育的基础是细胞和分子的重新配置，一直持续到三十岁。为了揭示协调神经成熟的细胞动力学，作者以单细胞分辨率分析了从妊娠到成年的人类前额皮层基因表达和染色质可及性。综合分析定义了每种细胞类型的动态轨迹，揭示了所有细胞类型在产前到产后转变时的主要基因表达重新配置，然后持续重新配置到成年期，并确定指导细胞发育程序、状态和功能的调控网络。作者揭示了表达动态和发育里程碑之间的联系，描述了细胞获得类成人状态的不同时间，并识别了来自不同发育起源的分子趋同。作者进一步揭示了与神经系统疾病有关的细胞动力学及其调节因子。最后，利用这个参考，作者对类器官模型中的细胞身份和成熟状态进行了基准测试。总之，这捕捉到了人类皮层发育的动态调节景观。

前言

人类前额叶皮层 (PFC) 直到成年才完全成熟，这一过程非常漫长，在灵长类动物中是独一无二的。神经执行功能依赖于不同神经细胞类型复杂的空间、电和化学相互作用，这些细胞类型通过从子宫内到成年的协调过程而成熟。出生后发育过程中突触发生、突触修剪、髓鞘形成和可塑性的基本过程导致了成熟大脑的功能复杂性和能力。然而，在大脑发育过程中，特别是出生后，驱动细胞特性和功能变化的分子动力学仍然很大程度上未知。

使用大量组织样本研究了整个大脑发育过程中的基因表达变化，最近的研究以单细胞分辨率分析了早期胎儿和成人阶段的转录组和染色质状态。然而，在整个出生后人类大脑发育过程中，还没有对基因表达和染色质动态进行系统的表征。这一差距跨越了一些重要的里程碑，例如语言习得和执行功能的发展。因此，我们对支撑这些发育过程的基因表达的时间和性质以及染色质动力学缺乏详细的了解。在这里，作者以单细胞分辨率表征了从妊娠到成年的人类 PFC 发育过程中发生的基因表达和染色质可及性变化。这使得能够表征不同皮层细胞类型在整个发育过程中的活性途径及其动态、细胞类型特异性成熟时间以及控制顺式调节逻辑和相关因素的预测，从而支撑神经细胞发育过程的分子解剖。

研究结果

1. 人类大脑发育的单核分辨率转录组参考

作者对来自胎儿（fetal）、新生儿（neonatal）、婴儿期（infancy）、儿童期（childhood）、青春期（adolescence）、成年（adult）发育阶段的个体的 26 个死后 PFC 样本进行了单核 RNA 序列 (snRNA-seq) 分析（Figure 1A; Table S1B），提供先前单细胞研究未能代表的阶段的广泛样本（新生儿、婴儿期、儿童期、青春期）。经过质量过滤后，作者生成了 154,748 个单核转录组图谱（Figures S1C–S1F; Table S1C），并组装了一个综合的发育参考，其中所有主要神经谱系具有不同的时间顺序（Figure 1B）。作者在所有发育阶段识别了 86 个不同的 clusters（Figure S1G），并通过将细胞核分为兴奋性主神经元 (principal neurons, PNs)、抑制性中间神经元（inhibitory interneurons, INs，来自内侧神经节隆起 [MGE] 或尾部神经节隆起 [CGE]）、神经胶质细胞（Glia），然后使用层和亚型特异性标记基因进一步分离主要 clusters（Figures 1C and S2A; Tables S2A–S2C）。该发育图揭示了出生后发育过程中的系统表达变化（Figure 1B）和细胞类型丰度的时间变化（Figures 1D, S1H, and S1I），例如，来自 ODC precursor cells (OPCs) 的 oligodendrocytes (ODCs) 从婴儿期开始增多并持续到成年期（Figure 1D）。

Figure 1. 人类 PFC 发育的单核分辨率转录组参考

(A) 本研究中生成的发育阶段、样本年龄、大脑区域、分析方法和文库示意图。用于定义发育阶段的年龄：胎儿（ga22 to <ga38；ga（gestational age，胎龄），以周为单位）、新生儿（≥ga38 to <2 months）、婴儿期（≥2 months to <1 year）、儿童期（≥1 to <10 years）、青春期（≥10 to <20 years）、成人（≥20 years），按照 Kang et al., 2011 的指导。
(B) UMAP 图描绘了 18 个主要 clusters 中的 154,748 个核。插图显示了 UMAP，每个核都根据其年龄的反正弦变换进行着色。Astro，星形胶质细胞；Micro，小胶质细胞；"dev" 表示早期发育细胞。
(C) 主要细胞类型注释的标记基因的表达。
(D) 每个发育阶段中每种细胞类型/状态的比例。
(E) Hotspot 识别的基因模块的 eigengene 得分在 UMAP 上的分布。
(F) 每个类群和发育阶段中所有模块基因的平均表达。每个 cluster 和发育阶段的模块中所有基因的平均标准化和归一化表达。x 轴描绘了主要 clusters 以及每个 cluster 中从胎儿到成人的发育阶段。