文献阅读 | Cell：分子全息图的时空建模

文献介绍

文献题目： 分子全息图的时空建模
研究团队： 邱肖杰（斯坦福医学院）、白寅琪（华大生命科学研究院）、刘石平（华大生命科学研究院）、徐讯（华大生命科学研究院）、马佳义（武汉大学）
发表时间： 2024-11-11
发表期刊： Cell
影响因子： 45.5（2024年）
DOI： 10.1016/j.cell.2024.10.011

摘要

量化胚胎发生过程中的时空动态对于了解先天性疾病至关重要。作者开发了 Spateo (https://github.com/aristoteo/spateo-release)，一个 3D 时空建模框架，并将其应用于 E9.5 和 E11.5 的 3D 小鼠胚胎发生图谱，捕获了 800 万个细胞。Spateo 能够实现可扩展、部分、非刚性对齐、多切片细化和网格校正，以创建整个胚胎的分子全息图。它引入了数字化方法来揭示从亚细胞到整个器官的多层次生物学，识别沿新兴 3D 结构正交轴的表达梯度，例如中脑-后脑边界 (MHB) 等次级组织者。Spateo 进一步联合模拟细胞间和细胞内相互作用，以剖析 3D 结构中的信号景观，包括丘脑内限制带 (ZLI)。最后，Spaeo 引入了细胞迁移的“形态矢量场”，并整合空间微分几何来揭示不对称小鼠心脏器官发生等的分子程序，将宏观变化与分子动力学联系起来。因此，Spateo 能够在 3D 空间的分子水平上研究器官生态学。

前言

了解哺乳动物器官发生过程中全胚胎水平的基因表达和细胞间相互作用 (CCI) 的精确时空编排将显着推进发育生物学，并且对人类健康具有巨大潜力。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq）已经能够创建线虫、果蝇、小鼠、和人类胚胎发生的时间分辨细胞图谱。然而，scRNA-seq 方法将胚胎分离成单个细胞，导致空间信息严重丢失。最近出现的空间转录组学 (ST) 方法解决了这个问题局限性，使得胚胎发生的时空分析成为可能，但哺乳动物物种的全胚胎规模时空研究提出了巨大的挑战；此前，鉴于大多数 ST 平台的视野 (FOV) 有限，这些研究仅限于单个时间点、或早期时间点、或单个器官，但直到现在才针对 E9.5 和 E11.5 的整个小鼠胚胎。

此外，虽然随着 3D 重建、空间域数字化、和 CCI 方法的发展，ST 的计算分析取得了巨大进展，但各种挑战阻碍了它们在胚胎规模和 3D ST 数据集。例如，现有的 3D 对齐方法，例如 ST 实验的概率对齐 (PASTE)，无法大规模对齐胚胎切片，同时考虑到组织切片上的缺失区域和样品制备过程中引入的组织变形。此外，现有的空间域数字化方法仅限于 2D 形状，但不适用于任何 3D 对象，并且 CCI 模型并非旨在描述 3D 生物结构中不同尺度下运行的许多细胞间和细胞内相互作用。最后但同样重要的是，根据时间分辨 3D ST 数据对 4D 时空动力学（例如形态发生）进行建模仍然是一个开放的挑战。

为了解决这些未满足的差距，在本研究中，作者开发了一个统一的框架，Spateo，它实现了整个小鼠胚胎分子全息图的 3D 时空建模，利用时间分辨的全小鼠胚胎细胞图谱，在小鼠器官发生的两个关键时间点（E9.5 和 E11.5）总共超过 800 万个细胞。请注意，使用自动串行块面成像 (SBFI) 方法改进 3D ST 分析的实验方法以及该大量参考数据集的完整表征将在另一项研究中报告。这项研究重点研究几种新兴的 3D 结构，这些结构的特点是在此阶段快速形成和成熟，包括四腔心脏、脊髓，以及丘脑内限制带 (ZLI) 和中脑-后脑边界 (MHB) 等次级组织者，它们具有特定的基因表达模式和信号景观，控制周围空间区域的细胞命运。

Spateo 具有一套连贯且独特的 3D 感知分析方法。首先，Spateo 推出了一种可扩展且强大的 3D 重建算法，能够通过允许非刚性、部分对齐来精确重建 3D 整个小鼠胚胎；多切片细化；以及使用高斯过程、变分贝叶斯推理等的网格校正。在新的 3D 全小鼠数据集和其他几个 3D 数据集上，Spateo 始终优于 PASTE、PASTE2、Moscot、SLAT、STAlign、SPACEL 在准确性、稳健性和效率方面。Spateo 还具有多尺度空间域分析框架，适用于定义特定的空间轴和研究从单细胞到胚胎水平的生物学水平，使用广义数字化方法通过求解单细胞空间图的势函数方程。作者应用这种方法来表征 ZLI 和脊髓正交轴上的基因表达变化，这通过 2D 分析是不可能实现的。作者鉴定了一系列信号传导和转录因子 (TFs)，例如 Slit2 和 Dbx1，其中许多调节 ZLI 和脊髓成熟。为了探究潜在的细胞间通讯和细胞内信号传导，作者进一步开发了一个综合框架，可以对细胞间/细胞内相互作用进行综合建模。作者利用这个框架来揭示和表征 MHB 和 ZLI 组织背后的独特分子网络，涉及 Wnt 家族、Bmp 家族、Fgf8 和 TFs（例如 Foxd1、Cited 和 Id1 等）的关键配体。

为了将宏观细胞形态发生与潜在的微观分子途径联系起来，作者进一步推广了 3D 对齐框架，以允许学习形态测量向量场，该向量场可以准确预测心脏细胞从 3D 重建心脏（胚胎发生过程中出现的最早的器官）的 4D 时空迁移路径。作者发现心脏的不对称迁移可能与心房和心室特异性的 Notch 信号传导有关；分化因子，例如 Tbx2、Id2 和 Tbx20；或形态发生因子，例如 Angpt1、Pitx2 和 Hey2。除了对心脏的单个器官进行时空建模外，作者还对多个器官进行了联合建模，接下来作者揭示了果蝇中肠的形态学收敛以及后肠和唾液腺的扩张，这进一步揭示了导致生殖带回缩的假定形态发生因子，例如 otp、Abd-B 等。最后，为了促进对大量复杂 3D 数据集的交互式探索，作者还开发了 Spateo-viewer，这是一款功能强大的多功能 3D 数据可视化和处理工具，可在 http://viewer.spateo.aristoteleo.com/ 免费访问。总的来说，这些综合方法允许在广度和分辨率上深入研究 3D 结构，例如大脑中的小鼠次级组织者（ZLI 和 MHB）、脊髓、四腔心脏和整个果蝇生殖带。

Spateo 促进了单细胞分析的转变——从传统的、还原论的以细胞为中心的焦点转向将组织、器官和胚胎作为一个整体——允许对分子机制进行超精细、多维的空间和时间检查。Spateo 通常适用于任何基于测序或基于成像的 ST 读数，并且可以与 Dynamo（RNA 速度矢量场分析的通用框架）结合使用，以实现细胞命运转变的时空动力学的定量和预测分析。https://spateo-release.readthedocs.io/en/latest/ 提供了丰富的教程、工作流程和文档，开源工具包可以在 https://github.com/aristoteleo/spateo-release 找到，欢迎社区贡献。

研究结果

1. Spateo：用于 3D 空间转录组学多级时空建模的多功能工具

为了迎接 3D ST 时代的到来，作者开发了一种多功能工具，用于在全胚胎尺度上进行单细胞分辨率的高级 3D 时空建模。Spateo 工具链具有三大功能模块：数据预处理、核心功能、Spateo-viewer（Figure 1A; Table S1）。Spateo 从灵活的应用程序编程接口 (API) 开始，从不同的 2D 和 3D ST 技术（Figures 1A and S1A）读取不同的数据格式，然后将其转换为单个统一的数据结构。数据预处理模块主要包括单细胞分割和基本 3D ST 数据集探索的功能。Spateo 的主要核心功能模块实现了一套全面的 3D 时空建模方法，下面介绍这些方法，这些将在后续章节中详细讨论。最后，作者开发了 Spateo-viewer，一种用于 ST 的类似于“Google Earth”的网络浏览器 (http://viewer.spateo.aristoteleo.com/)， 可实现直观且交互式的 3D 数据探索和分析。

Figure 1. Spateo 是一种多功能工具，用于单细胞分辨率和全胚胎规模的 3D 时空转录组学建模，已在小鼠和果蝇胚胎上进行了演示

(A) Spateo 实现 3D 时空转录组建模的三大功能模块：数据预处理（单细胞分割、基本 3D 数据探索）；核心功能具有一组新颖的 3D 感知建模方法（3D 对齐、重建、数字化、细胞间相互作用、形态测量、骨干和形态发生分析）；Spateo-viewer，3D 空间转录组学的“Google Earth”。每种方法都注明了相关部分。
(B and C) Spateo 的可扩展、灵活且强大的对齐 (B) 和 3D 重建 (C) 框架（see also Figures 2 and 3）。
(D) Spateo 允许进行各种基本 3D 空间数据探索。
(E and F) Spateo 3D 数字化 (E) 和细胞间相互作用 (F) 方法的示意图（see also Figures 4 and 5）。
(G) 形态分析可量化重建 3D 物体的表面积、体积、高度、长度、宽度和细胞密度（see also Figure 6）。
(H) 骨干分析使用主曲线定义 3D 对象的骨干，然后识别随骨干函数显着变化的基因，并将骨干聚类到不同的空间域中（see also Figure S8）。
(I) 形态测量矢量学习和微分几何分析（see also Figure 6）。
(J) Spateo-viewer 是一款在线或独立浏览器，可实现 3D 空间转录组学的直观和交互式探索。
(E)-(F) 专为更高级的 3D 下游分析而设计。