R语言 dittoBarPlot画比例图

最新推荐文章于 2024-08-21 10:09:16 发布
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分类专栏： python R语言 基础/画图等 文章标签： r语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46021869/article/details/119612759
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这篇博客展示了如何使用R语言的dittoSeq库，通过seuratobject对象，实现结合了整合步骤后的不同seurat_clusters内的群体分布可视化。通过d1 = dittoBarPlot()函数，读者可以了解到各个cluster中特定变量（如Group）的来源比例情况。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言，object：seurat object，想要实现画出不同cluster里不同来源的比例图

library(dittoSeq)
d1 <- dittoBarPlot(
    object = combined.integrated,
    var = "Group",
    group.by = "seurat_clusters")
d1

实现效果
在这里插入图片描述

李子树下mini
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venn:绘制 2 圈或 3 圈面积比例维恩图-matlab开发
06-01
VENN Plot 2 或 3 圆面积比例维恩图 与 FEX 上可用的 VennX 函数相比，VENN 具有以下优势： 1）它要快得多2) 将维恩图绘制为补丁对象，允许更大的展示灵活性（边缘/面颜色、透明度等） 3) 返回具有所需绘图数据的结构，允许用户进行额外的修改（平移、缩放、旋转等） 4) 支持多种优化三圆维恩图位置的方法。 维恩（A，我） 维恩(Z) venn(..., 'ErrMinMode', 模式) H = 维恩(...) [H, S] = venn(...) [H, S] = venn(..., 'Plot', 'off') S = venn(..., '情节', '关闭') [...] = venn(..., P1, V1, P2, V2, ...) venn(A, I) 本身绘制具有总面积 A 和相交面积 I 的圆。对于双圆维恩图，A 是圆面积 [c1 c2] 的
dittoBarPlot--学习记录
jiangshandaiyou的博客
07-22 372
输入是 ：单细胞数据构建的 Seurat对象。
dittoSeq：一个优秀的单细胞转录组、Bulk可视化R包
qq_42090739的博客
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当然了，我还是那句话，够用就行了，****之所以要介绍这个包，主要是里面几个函数非常有用****！好了，这些就是我认为比较好的地方了，其他的感兴趣的可自行探索。第二个优势，我们在seurat中查看细胞比例柱状图的时候，需要先进行麻烦的细胞比例计算，然后用ggplot作图，这里可以直接作图！更为重要的是，很多时候，我们做基因表达的时候，UMAP图标记，发现有些有表达的点被覆盖了，导致感觉表达不高，这里完美解决！最后一个我认为比较好的，就是热图，可以进行多重注释，很简单，而且出图快，也不会有bug，值得拥有！
DittoSeq 开源项目教程
最新发布
gitblog_01090的博客
08-21 380
DittoSeq 开源项目教程 dittoSeqColor blindness friendly visualization of single-cell and bulk RNA-sequencing data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/di/dittoSeq 项目介绍 DittoSeq 是一个用于序列数据处理和分析的开源项目。它提供了一系列工具和方...
dittoSeq：让单细胞和批量RNA测序数据分析变得简单易行
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最近沉迷于写函数，所以写一个堆叠的函数，拼图无缝衔接，图还是很好看的，这里解决了ggplot拼图无缝衔接，网上有些函数很复杂，且没用。**本来这个帖子已经写完，然后刚好小伙伴问了一个问题，我就先抛出了，结果又有人提出加显著性的要求。事情的起因是我要复现一个文章的堆叠小提琴图，只不过堆叠小提琴用的是Split小提琴图，不仅展示细胞中基因的表达，也将分组展示了。此外，有了这个启发，我们是不是可以对一些基本的图进行无缝拼接呢，堆叠展示跟更体现效果，颜值也是拉满。
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weixin_42933967的博客
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要修改dittoBarPlot的图例顺序，可以使用legend函数，并指定要显示的标签的顺序。例如，假设有以下代码： ``` import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt tips = sns.load_dataset("tips") sns.set(style="whitegrid") g = sns.catplot(x="day", y="total_bill", hue="sex", data=tips, kind="bar", ci=None, legend=False) plt.legend(loc='upper right') plt.show() ``` 要按照指定顺序显示图例，可以使用以下代码： ``` import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt tips = sns.load_dataset("tips") sns.set(style="whitegrid") g = sns.catplot(x="day", y="total_bill", hue="sex", data=tips, kind="bar", ci=None, legend=False) # 指定图例顺序 new_labels = ['Male', 'Female'] handles, labels = plt.gca().get_legend_handles_labels() order = [labels.index(label) for label in new_labels] plt.legend([handles[idx] for idx in order], [labels[idx] for idx in order], loc='upper right') plt.show() ``` 在这个例子中，我们使用legend函数指定了新的标签顺序，并使用order列表来按照指定的顺序显示标签。注意，在使用这种方法时，必须提供所有要显示的标签，否则不存在的标签将不会被显示。
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