Linux系统用conda配置Seurat环境

已于 2024-03-13 15:57:57 修改
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分类专栏： R语言 文章标签： linux conda python
于 2022-09-08 22:25:12 首次发布
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Linux系统用conda配置Seurat环境

1. conda创建R语言虚拟环境

conda create -n R

2. 激活conda虚拟环境

conda activate R

3. 安装Seurat包

安装Seurat时，我直接使用R进行安装，发现所选择的镜像似乎都不能正常安装，无奈采用 conda install -c r package-name的方式进行安装。
seurat的安装方式是conda install -c conda-forge r-seurat

conda install -c conda-forge r-seurat
平平无奇科研小天才
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我要更高级点，学习y叔，安装v5时，同时不要删除我已经存在的v4。本文技术不难，更多的是一种思想方法，帮助大家去开拓自己的思路。虽然是红色的warning，但是顺利安装成功啦！安装suerat v5,同时不删除之前的v4。可以看到作者已经贴心的告诉我怎么安装啦。交流更多，加交流群，备注 姓名 学校。
20240404 安装seurat5
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.libPaths()函数添加您新创建的目录到库路径列表中，并确保它位于列表的顶部，这样R会首先在这个目录下查找和安装包。#使用dir.create()函数创建一个新的目录，用于存放想要安装的包。直接install.packages('Seurat')安装。删除不要的.libPaths()路径。##这个方法老师报错。
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要在Linux系统上配置conda环境，您可以按照以下步骤进行操作： 1. 首先，您需要下载Miniconda的安装包。您可以从Miniconda的官方网站或者清华源上下载Linux版本的Miniconda安装包。 2. 将下载好的Miniconda安装包上传至Linux服务器的一个文件夹中。 3. 在终端中，使用cd命令切换到Miniconda安装包所在的文件夹。 4. 运行以下命令来安装Miniconda： ``` bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 该命令将启动Miniconda安装程序并引导您完成安装过程。 5. 按照安装程序的提示完成Miniconda的安装。您可以选择默认选项或根据需要进行自定义配置。 6. 安装完成后，您需要重新加载终端或运行以下命令使环境变量生效： ``` source ~/.bashrc ``` 7. 现在，您可以使用conda命令来管理和创建环境了。您可以使用以下命令创建一个新的conda环境： ``` conda create --name myenv ``` 其中，myenv是您希望创建的环境的名称。您可以根据需要修改该名称。 8. 您可以使用以下命令激活创建的环境： ``` conda activate myenv ``` 其中，myenv是您创建的环境的名称。 通过按照上述步骤操作，您可以在Linux系统上成功配置conda环境，并开始使用conda进行环境管理和包安装了。 : 官网下载链接：Miniconda — Conda documentation : 清华源下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

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