conda 配置R虚拟环境并安装 monocle 包

monocle对轨迹分支进行基因差异分析时占用内存非常大，且计算时间超长，仅对8000细胞进行分析就耗费4-5h，需要在服务器进行monocle轨迹。服务器是基于Linux系统的，对于非root用户或系统版本较低来说安装R是非常麻烦的，因此可以通过安装conda，创建虚拟环境，再安装R，然后在R中安装monocle或其他R包来解决问题

1. Linux系统安装anacondaLinux中安装Anaconda和cutadapt_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客_cutadapt安装

2. 配置镜像，参考下面三个文章，实测非常有效

conda配置R虚拟环境及导入R包_科研小工努力搬砖的博客-CSDN博客_r语言虚拟环境

conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_运维自动化&云计算的博客-CSDN博客_conda r

conda 安装R语言及其R包 - 简书

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

######以下为输出内容######
######以下为输出内容######
add_anaconda_token: True
add_pip_as_python_dependency: True
aggressive_update_packages:
  - ca-certificates
  - certifi
  - openssl
..............................................
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - defaults
...............................................

3. 创建虚拟环境

###1. 先查看已有的环境，可以看到只有一个conda的base环境
conda info --envs
# conda environments:
#
#base                  *  /home/hanjiangang/anaconda3

###2. 创建新的虚拟环境
conda create -n R4.1.2
conda info --envs
###再查看发现添加了新的变量
##base                  *   /home/anaconda3
##R4.1.2                    /home/anaconda3/envs/R4.1.2 

###3. 虚拟环境操作
###激活
conda activate R4.1.2
###退出
conda deactivate
###删除
conda env remove --name R4.1.2

4. 虚拟环境R4.1.2中安装R

###1. 先进入虚拟环境
conda activate R4.1.2

###2. 查看可用的R版本
conda search R

# Name                       Version           Build  Channel             
#............     
#r                                4.0        r40_1004  anaconda/cloud/conda-forge
#r                                4.0 r40hd8ed1ab_1004  anaconda/cloud/conda-forge
#r                                4.1 r41hd8ed1ab_1004  anaconda/cloud/conda-forge

###3. 安装最新4.1.2版本，很快，无报错
conda install r-base=4.1.2

5. 将R路径添加到环境变量中，并运行R

因为之前尝试过直接在Linux系统中安装R，虽然R安装成功了，但是无法安装R包。在虚拟环境R4.1.2中运行R之前，需要先把之前安装R删除，之后把在虚拟环境（R4.1.2）中安装R的路径添加到环境变量中。

#在根目录下的.bash_profile文件中添加相应路径，并保存
export PATH=$PATH:/home/anaconda3/envs/R4.1.2/bin

#返回根目录，运行
source .bash_profile

#直接运行R，正常
R

##R version 4.1.2 (2021-11-01) -- "Bird Hippie"
##Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
##Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
##
##R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
##You are welcome to redistribute it under certain conditions.
##Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
##
## Natural language support but running in an English locale
##...................

6. 运行R，安装BiocManager和monocle，参考之前的

Monocle操作笔记1-软件安装_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客_monocle安装

##安装bioconductor
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.14")

##安装monocle
BiocManager::install("monocle")