V100 配置 Scanpy + Scvi + Pytorch

最新推荐文章于 2024-06-07 18:42:24 发布
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分类专栏： 环境配置 文章标签： pytorch 人工智能 python
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V100配置 Scanpy + Scvi + Pytorch

创建虚拟环境

conda create -n name python=3.8
conda activate name

安装基础包

conda install numpy

安装 Scanpy

conda install scanpy

安装 Scvi

conda install scvi-tools==0.20.1

该命令自动安装的是cpu版本的Pytoch 2.0.0，因此需要手动安装gpu版本Pytorch

安装 GPU 版本 Pytorch

conda install pytorch==2.0.0 torchvision==0.15.0 torchaudio==2.0.0 pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia
平平无奇科研小天才
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根据实验，将batch-size设置为32依旧会爆显存，因此将其设置为24，其实在监控中可以发现，GPU可能只是在一瞬间对显存需求较大，从而造成爆显存问题，如我们在训练完第一轮后保留一些梯度信息，模型信息时会对显存需求激增，从而出错。在先前的实验过程中，使用了腾讯云提供的nvidia T4GPU，尽管其性能较博主的笔记本有了极大提升，但总感觉仍有些美中不足，因此本次博主租赁了nvidia V100 GPU，看看它的性能表现如何。和先前一样，只需要将服务器使用xshell连接我们就可以使用了。
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02-12 594
有GPU的话，可以安装下面的包进行GPU加速，就算你没有gpu，通常也需要安装，防止后续运行报错。虽然使用R语言运行，需部署一个scvi的Python环境，这部分与推文【没有gpu的话，会巨慢无比。
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发现cuda又不能用了，不知道怎么回事 1，gpu-2上重新安装pytorch,但是http错误，换源不能解决问题 2，尝试在v-100上安装conda，然后再安装pytorch (参考)[https://blog.csdn.net/anpwu/article/details/109788684?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522162130435716780357280098%2522%252C%2522scm%2522%253
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PyTorch、显卡、CUDA 和 cuDNN 之间的关系
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06-03 1280
它会把数据发送到 GPU，使用 CUDA 来控制 GPU 如何执行计算，同时使用 cuDNN 来执行那些预设好的深度学习算法，以达到最快的烹饪速度（计算速度）。总的来说，PyTorch 是一个高级的工具，它让深度学习的专家和新手都能轻松使用 GPU 的强大计算力，就像一位经验丰富的厨师使用先进的厨房设备一样。显卡，特别是 NVIDIA 的 GPU，具有大量的并行处理单元，这些单元可以同时执行大量相似的操作，非常适合进行大规模矩阵运算，如深度学习中的卷积神经网络（CNNs）和循环神经网络（RNNs）的计算。
Pytorch语义分割（1）-----加载数据
m0_48095841的博客
06-04 285
在语义分割中用到的数据无非就是原始图片（image）和标注后得到的mask图片，所以在读取数据的时候只要返回图片和标签信息就OK 了。
【TVM 教程】编译 PyTorch 目标检测模型
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HyperAI超神经
06-07 283
本文介绍如何用 Relay VM 部署 PyTorch 目标检测模型。首先应安装 PyTorch。此外，还应安装 TorchVision，并将其作为模型合集（model zoo）。PyTorch 版本应该和 TorchVision 版本兼容。目前 TVM 支持 PyTorch 1.7 和 1.4，其他版本可能不稳定。
win11+cudn+pytorch+pycham
05-01
Win11是微软公司最新推出的操作系统，相比于以往版本，Win11更加美观、简洁，支持更多的应用程序，并且在性能方面也有所提升。 CUDN是CUDA深度神经网络工具包的缩写，它是由英伟达公司推出的一款用于深度学习的软件开发工具包。CUDN在GPU上提供了高效的加速，使得运行神经网络模型效率更高，同时也提高了模型训练和推理的速度和准确性。 PyTorch是一个深度学习框架，它由Facebook公司开发并贡献给开源社区。PyTorch提供了丰富的API，使得用户可以轻松地构建、训练和部署神经网络模型，同时PyTorch还支持的Numpy的API，使得熟悉Numpy的用户可以更轻松地过渡到PyTorch。 PyCharm是一款Python集成开发环境(IDE) ，它由JetBrains公司开发并提供。PyCharm具有强大的代码编辑、代码调试、代码质量分析和图形用户界面设计等功能，它也是许多Python开发者的首选工具。 综上所述，Win11支持CUDA加速，可用于深度学习工作，在此环境下使用PyTorch建模并通过PyCharm调试的高效性能将会有更大的提升。

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