解决【scVelo】Error: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument write_knn_indices

前言

最近分析单细胞数据，发现自己环境中的scanpy 版本落后太多了，所以更新了一下……然后在做 RNA Velocity分析的时候遇见了报错： Error: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_indices'，记录一下解决过程。

报错场景

工具版本：Scanpy Version：1.10.1、ScVelo Version：0.3.2
代码：

import scvelo as scv
...
...
scv.pp.moments(adata, n_pcs=30, n_neighbors=30)

报错： TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_indices'

解决过程

和以前一样，直接Google搜索报错信息，找到：

解决方法，上图所示，把参数设置从n_pcs=30改为n_pcs=None

Bug fixed

scVelo的作者已经在最近把 bug 修复了， 所以只要安装一下develop的版本应该就可以了：
pip install git+https://github.com/theislab/scvelo@main，或者

git clone https://github.com/theislab/scvelo && cd scvelo
git checkout --track origin/main
pip install -e .

其他方案

如果根据上述步骤，修改参数后仍然报错，那么还有一种解决方案可以参考。
工具版本：

numba                  0.53.1              
scanpy                 1.7.2               
scvelo                 0.2.3               
umap-learn             0.4.6  

此时，需要将 numba 版本降到 0.52.0，即 pip install numba==0.52.0

但是，我估计很少会有人需要这样……因为已经是**“相对古早”**的版本了

总结

我遇到的报错，应该之前会有人遇到过，多搜一搜，总会找到解决方案，提高信息检索筛选的能力，会明显减少解决问题所需时间。