weixin_46266120的博客

原创 Autodock完成分子对接完整过程

是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间 (如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法。

原创 安装pymol

因为pymol的在线下载非常慢，所以我采用的是先离线下载安装包，然后用pip逐个安装。输入conda create -n pyoml3.7 python=3.7。我们成功创建一个名为pymol的虚拟环境，它里边的python版本是3.7。然后输入conda activate pymol3.7。利用Aconda中的虚拟环境安装pymol。在Aconda Prompt中打开虚拟环境。点击右键发送到桌面快捷方式即可。

原创 tensorflow如何调试

【代码】tensorflow如何调试。

原创 安装指定版本的pytorch和DGL（GPU+Linux）

直接安装直接查询1.8.0。

原创 Autdock分子对接

autdock分子对接遇到的问题

原创 SQL查询

使用navicat和python处理sql查询

原创 元学习——Machine Learning

元学习

原创 PyBioMed:一个用于化学物质、蛋白质和DNA及其相互作用的各种分子表示的Python文库

计算蛋白质描述符——PyProteinPyProtein是用于蛋白质特征计算的工具。PyProtein从氨基酸序列中计算蛋白质和肽的结构和物理化学特征。这些序列衍生的结构和理化特征已被广泛用于开发机器学习模型，用于预测蛋白质结构和功能类别，翻译后修饰，亚细胞位置和特定性质的肽。在 PyProtein 模块中，有两种方法可以计算蛋白质描述符。一种是直接使用相应的方法，另一种是首先构建一个PyProtein类，然后运行他们的方法来获得蛋白质描述符。应该注意的是，输出是字典形式，其键和值分别表示描述符名称和

原创 Tensorflow

1、设置环境变量，放在代码最前面的（但是要先导入os包）。os.environ[‘环境变量名称’]=‘环境变量值’ #其中key和value均为string类型。例如：import osos.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "0"注意如果"CUDA_VISIBLE_DEVICES" 书写错误，也不报错，自动选用第一个显卡"CUDA_VISIBLE_DEVICES" ：自定义要使用的GPU（tensorflow中默认是全部使用的）注意：GPU一般是从

原创 服务器Linux

1.linux使用anaconda安装python包_shu616048151的博客-CSDN博客1创建环境conda create -n py36 python=3.62激活环境source activate py363安装包安装包之前，必须激活环境，否则会安装到root环境下3.1 conda方式conda install tensorflow（或者conda install tensorflow==version）3.2 pip方式conda使用国...https://blog.csdn.net/sh

原创 Excel

1.excel两张表数据关联的技巧https://www.jb51.net/office/excel/673178.htmlhttps://www.jb51.net/office/excel/673178.html2.excel如何快速填充公式到最后一行在E2单元格的右下角双击

原创 Gephi

1、在网络图标注节点名称：预览中的设置有边标签一栏；如果要标注的是id，则应该将id复制到label，再将label重新复制到新的一列

原创 Python问题

一、计算列表中重复元素出现的次数collections模块—— Counter - Eva_J - 博客园1.普通word_counts = Counter(word)#Counter({'R03': 8, 'C01': 6, 'L01': 4,}）2.求最大top_one = word_counts.most_common(n)#n为几就是最大的前几个......

原创 matplotlib.pyplot

一、热力图1.可用excel进行绘制热图（heatmap）介绍 - 简书热图定义：作为目前最常见的一种可视化手段，热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。同时，专用于大数据统计分析、绘图和可视化等场景的 R 语言...https://www.jianshu.com/p/398a20e785362.sns.heatmap具体可看：Python-Seaborn热图绘制_sunchengquan的博客-CSDN博客_python 热图制图环境： pycharm python-3.

原创 matplotlib.pyplot

1.热力图

原创 聚类算法中的一些问题

1.邻接表转化为邻接矩阵时，可以直接使用networkx，之前使用的方法是因为将邻接矩阵当做所有都一一对应的，但是实际是可能会有两个节点之间无连线，所以应该直接使用networkx中的方法进行转化# coding:utf-8#将一个图，network转换为邻接矩阵import networkx as nximport numpy as npG = nx.read_weighted_edgelist("xx/xx.edgelist")A = nx.to_numpy_matrix(G)de

原创 绘制箱线图时出现：Neither the `x` nor `y` variable appears to be numeric.

数字是字符串形式，将其改变为float形式参考：https://blog.csdn.net/weixin_43645287/article/details/106850952

原创 设置绘图的标题字体

from matplotlib import rcParamsconfig = { "font.family":'arial', # 设置字体类型 # "font.size": 80, # "mathtext.fontset":'stix', # "font.serif": ['SimSun'], 设置中文字体为宋体}rcParams.update(config)

原创 DataFrame

一、读取文件1.exceldf = pd.read_excel("C://Users//15534//Documents//研究生任务//药物分类整理0816//0816整理数据//0816整理数据//实验结果PPT4上.xlsx")2.txtf = open("C://Users//15534//Documents//研究生任务//药物分类整理0816//0816整理数据//0816整理数据//drug_sim.txt","r",encoding='utf-8') #设置文件对象

原创 读取表格的其中一个sheet

df=pd.read_excel(bp+"类间分析数据整理0423.xlsx",sheet_name='target_pvalue')

原创 绘图的颜色表

原创 raise NotImplementedError

forward函数出了问题，没检测到forward函数但写了 def forward ....注意观察和上面的 def __init__ 是不是对齐了的