Autodock完成分子对接完整过程

1 前言

      分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间 (如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法。

参考：分子对接（molecular docking）技术介绍 - 知乎 (zhihu.com)

2 安装

2.1 Autodock

       Autodock：分子对接软件包，用于实现小分子和蛋白质之间的对接

      安装参考视频：1安装教程_哔哩哔哩_bilibili

2.2 Pymol

       PyMOL：分子三维结构显示软件，适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。即在完成分子对接后，画出具体的图像。

       安装过程：

1. 利用Aconda创建虚拟环境

          1）打开Anaconda Prompt

                找到anaconda prompt这个程序（比如从Windows开始菜单里）。

打开以后是这样：

       base是你目前环境的名字。你的程序运行需要一个环境，anaconda给你创建了一个基础环境作为保底。

      2）在Anaconda Prompt中创建虚拟环境

           在Anaconda Prompt中输入以下命令，创建一个名为pymol3.7的虚拟环境，其中的python版本是3.7。

conda create -n pyoml3.7 python=3.7

       3）进入虚拟环境并安装包

            ①输入以下命令进入虚拟环境pymol3.7

conda activate pymol3.7

             ②安装以下包

              因为pymol的在线下载非常慢，所以采用的是先离线下载安装包，然后用pip逐个安装

              首先，在https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pyt中获取以下whl文件：

               [1] numpy-1.21.5+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl
               [2] Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
               [3] pymol-2.6.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
               [4]pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
               [5]pip-20.0.2-py2.py3-none-any.whl

              其次，利用以下命令安装以上五个包：

pip install pip-20.0.2-py2.py3-none-any.whl
pip install numpy-1.21.5+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl
pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
pip install pymol-2.6.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
pip install --upgrade --no-deps pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl

装成功之后 pymol 图标在虚拟环境文件夹中：
点击右键发送到桌面快捷方式即可。

拟环境安装pymol

在Aconda Prompt中打开虚拟环境

输入conda create -n pyoml3.7 python=3.7

3 分子对接步骤

3.1 输入文件准备

       案例1：疾病的基因和药物小分子对接

• 疾病的基因

       ①在pubchem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）中找到类型为Genes的条目

           如基因CHRM3如下：

        ②进入后找到3.2.1 PDB Structures得到基因包含的蛋白质

            如基因CHRM3包含以下五个蛋白质：

        ③在RCSB数据库（https://www.rcsb.org/）中直接找到基因对应的蛋白质的pdb文件

• 药物

        在pubchem数据库中找到3D的sdf格式文件，用OpenBabel软件转化为pdb格式

         OpenBabel软件安装及具体转化过程：10如何获取小分子mol2或pdb文件_哔哩哔哩_bilibili

      案例2：验证药物和靶点的关系

• 药物的核心成分

       如Coptis chinensis (黄连)的核心成分为berberine（小檗碱），Artemisia annua (青蒿)的核心成分为artemisinin（青蒿素），将berberine和artemisinin在pubchem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）中找到3D的sdf格式文件，用OpenBabel软件转化为pdb格式

• 靶点

       在RCSB数据库（https://www.rcsb.org/）中直接找到基因对应的蛋白质的pdb文件

3.2 Autodock分子对接

2分子对接完整步骤_哔哩哔哩_bilibili

3.3 pymol结果展示

13用PYMOL绘制图片_哔哩哔哩_bilibili