Autdock分子对接

1. 教程

1.1安装和分子对接方式

https://www.bilibili.com/video/BV1Yr4y1T7Ko?p=15&vd_source=74bb95d6d6be78f78583f84721e1ee3f

P1和P2

1.2疑问解答

https://www.bilibili.com/read/cv12728242

2.对接过程的问题

2.1 autgrid出现问题

问题出现：在grid box保存后形成grid.gpf文件，并点击launch后，框瞬间消失，同时未出现map文件，glg文件大小为0KB

问题原因：打开grid.gpf文件，报错如下所示

报错原因是Autodock默认的原子类型没有B的，因此我们需要把B的参数添加到Autodock的力场中。Autodock使用的力场文件是AD4_parameters.dat

解决过程：

https://www.bilibili.com/video/BV1Yr4y1T7Ko?p=15&vd_source=74bb95d6d6be78f78583f84721e1ee3f   P15

其中用到的网站：

https://www.researchgate.net/post/How-to-add-Cobalt-atomic-parameter-in-autodock-42

并在gpf、dpf文件的首行加入如下字段：

parameter_file AD4_parameters.dat    # force field default parameter file