导言:本实现步骤解决【no schema has been selected to create in】以及【relation "xxxx" does not exist 】问题
步骤1、准备需要的文件放在相同的文件夹。
所有文件均可在官网或者网上找到,打开官网https://mimic.mit.edu/iii/tutorials/install-mimic-locally-ubuntu/ 点击箭头位置即可
步骤二、按照官网步骤创建数据库用户并创建mimic库
//创建数据库用户xxx,并指定为超级用户
$ sudo -u postgres createuser --superuser xxx
//退出到shell命令行,连接用户xxx到数据库
$ psql -U xxx -d postgres
//使用sql语句,创建名为mimic的库,拥有者为用户xxx
>CREATE DATABASE mimic OWNER xxx
这几步比较简单,因此不展示图片。
步骤三、创建mimiciii schema 并执行.sql文件
1.退出到shell命令行,依次输入命令:
psql -U xxx -d postgres //xxx为刚刚建立的用户
\c mimic
CREATE SCHEMA mimiciii;
set search_path to mimiciii;
2.与官网步骤不同,此时不需要要输入\q退出到命令行,直接输入下列语句进行建表!!:
\i /home/../postgres_create_tables.sql
3.建表成功后依次输入下列命语句导入:
\set ON_ERROR_STOP 1
\set mimic_data_dir '/home.../mimic-iii-clinical-database-1.4'
\i /home/../postgres_load_data_gz.sql
注意①:第三个表特别大,会用很长时间,看起来好像是停止了,其实不是,不用管他,等着就行。
附:window系统同样可以按照该步骤进行导入,只需要在路径那里输入绝对路径即可
注意 ②每次使用psql语句进入mimic库都需要运行下述命令;
psql -U xxx -d postgres
\c mimic
CREATE SCHEMA mimiciii;
set search_path to mimiciii;
或
psql 'dbname=mimic user=xxx options=--search_path=mimiciii'