LINUX系统 PostgresSQL导入Mimiciii数据库

导言：本实现步骤解决【no schema has been selected to create in】以及【relation "xxxx" does not exist 】问题

 

步骤1、准备需要的文件放在相同的文件夹。

    所有文件均可在官网或者网上找到，打开官网https://mimic.mit.edu/iii/tutorials/install-mimic-locally-ubuntu/ 点击箭头位置即可

   

 

步骤二、按照官网步骤创建数据库用户并创建mimic库

//创建数据库用户xxx，并指定为超级用户

$ sudo -u postgres createuser --superuser xxx

//退出到shell命令行，连接用户xxx到数据库

$ psql -U xxx -d postgres

//使用sql语句，创建名为mimic的库，拥有者为用户xxx

>CREATE DATABASE mimic OWNER xxx   

这几步比较简单，因此不展示图片。

 

步骤三、创建mimiciii schema 并执行.sql文件

1.退出到shell命令行，依次输入命令：

psql -U xxx -d postgres              //xxx为刚刚建立的用户

\c mimic   

CREATE SCHEMA mimiciii;

set search_path to mimiciii;       

2.与官网步骤不同，此时不需要要输入\q退出到命令行，直接输入下列语句进行建表！！：

\i /home/../postgres_create_tables.sql      

 

3.建表成功后依次输入下列命语句导入：

\set ON_ERROR_STOP 1

\set mimic_data_dir '/home.../mimic-iii-clinical-database-1.4'

\i /home/../postgres_load_data_gz.sql     

注意①:第三个表特别大，会用很长时间，看起来好像是停止了，其实不是，不用管他，等着就行。

 

附：window系统同样可以按照该步骤进行导入，只需要在路径那里输入绝对路径即可

 

 

 

 

 

注意 ②每次使用psql语句进入mimic库都需要运行下述命令;

psql -U xxx -d postgres             

\c mimic   

CREATE SCHEMA mimiciii;

set search_path to mimiciii;       

或

psql 'dbname=mimic user=xxx options=--search_path=mimiciii'