生信相关工具安装记录(ubuntu18.04)

1、BCFtools

Github下载压缩包：https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.19/bcftools-1.19.tar.bz2

解压：

命令行安装：

#安装相应依赖
$ sudo apt-get install zlib1g-dev 
$ sudo apt-get install libbz2-dev
$ sudo apt-get install liblzma-dev
$ sudo apt-get install make

$ cd /xxx/bcftools-1.19    # xxx替换相应路径 cd /home/gary/biotools/bcftools/bcftools-1.19
$ ./configure --prefix=/xxx/xxx # xxx替换安装路径 ./configure --prefix=/home/gary/biotools/bcftools/bcftools
$ make
$ make install

$ export PATH=/xxx/xxx/bin:$PATH    # 添加环境变量 export PATH=/home/gary/biotools/bcftools/bcftools/bin:$PATH

 安装成功：

使用bcftools时，The VCF will need to have been compressed using bgzip.

# 常用bgzip对vcf进行压缩
sudo apt install tabix  # 安装

bgzip -c input.vcf > input.vcf.gz 

 

2、Sra-tools (NCBI下载器)

查看相关介绍：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki

(1)下载相应系统安装包：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

(2)跟随教程安装(最后的functional test可能需要一定时间下载数据，可跳过)： https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit

(3)设置相关参数：参考

A. 选择"Remote Access" 

 B. 转到"Cache"选择"local file-caching"并设置路径(必须是空文件夹),即user-repository

C. 转到"cloud provider"并且选择"report cloud instance identity"

 (4) 选择并保存数据信息在cart文件中

A.登录dbgap

B.点击My Requests，查看批准的请求

C.选择dbGap file selctor下载基因型和表型数据/选择SRA RUN selector下载SRA数据

D.选择数据并下载.krt文件

(5)使用prefetch进行数据下载，介绍(包含修改下载路径)。

A.找到密钥并下载得到.ngc文件

B.在.krt文件与.ngc文件存放目录运行prefetch命令下载(默认下载在当前文件夹)：

# 添加相应路径到环境变量(即第3步 仅当前终端有效，窗口关闭后变量被删除，下次仍需要再次添加)
export PATH=$PATH:/home/gary/biotools/sratoolkit/sratoolkit.3.0.10-ubuntu64/bin 

# cart文件
$ prefetch --ngc prj_35367.ngc DS-ALZ-NPU.krt
# 下载多个文件时使用。
$ prefetch --ngc prj_35367.ngc DS-ALZ-NPU.krt --order kart
# 使用nohup和末尾的&后台运行，-X 99999999 是下载大小限制
$ nohup prefetch -X 9999999999999 --ngc prj_35367.ngc --cart DS-ALZ-NPU.krt &

# SRA accession
$ prefetch --ngc your_file.ngc SRR1234567

等待下载完成, 程序显示结束时仍没有实质文件下载则重启终端

ps:表型数据(.ncbi.enc)解密步骤: 参考1 参考2

$ vdb-decrypt --ngc your_file.ngc ~/ncbi/dbGaP-26086/files/ # 整个表型数据存放的文件夹进行解密

解密完成之后，文件的后缀ncbi_enc不见了。

3、plink

进入下载链接按照电脑配置下载：http://www.cog-genomics.org/plink2/

解压后解压就能直接使用。