上次我们得到101个预后相关的自噬基因,我们说到基因太多有它的弊端,首先森林图我们没法做,后续用lasso回归可能回答十几甚至几十个基因,基因太多的话容易引起质疑,且难以进行验证。
因此我们需要筛选自噬相关的差异表达基因,然后与101个预后相关基因取交集。
1.下载数据
2. 匹配基因
3. 基因去重复
4.匹配临床数据
5.批量cox回归分析
6.差异表达基因筛选
7.取交集,选出预后相关的差异表达基因
8.森林图绘制
9.lasso回归进一步排除具有共线性的基因
10.验证集验证,数据合并验证
11.多因素cox回归建模
12.列线图
13.矫正曲线
14.ROC曲线分析
下面我们先准备数据:
只需要准备上面两个数据即可,一个是KIRC表达数据,一个是自噬相关基因。
下面我们运行代码,先读取这两个数据:
setwd("D:\\")
dir()
data <- read.csv("KIRC_lcpm.csv",header = T,sep