分享miRNA和lncRNA靶向预测网站——miRcode，lncRNABase，starbase，RegRNA2.0

lncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。 

在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。

先前向大家简单介绍过预测lncRNA和miRNA的方法:

如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？_Lijingxian教你学生信的博客-CSDN博客_lncrna预测mirnalncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。那么问题来了，大部分网站通常都是输入一个lncRNA，预测与其结合miRNA。如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA，如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。我向大家推荐一个网站：mircode。https://lijingxian19961016.blog.csdn.net/article/details/123551237?spm=1001.2014.3001.5502今天我们着重介绍一下相关的数据库。

第一个就是miRcode:

 首先这个网站的功能很多，我们简单介绍几个，比如我们找到一个基因CCNB1，我们要查调控他的miRNA，可以点击search：

 输入自己的基因以后，在网站下面会显示预测的结果：

 表格内会显示靶向CCNB1的miRNA名字，染色体位点，区域，保守性等等。

 当然也可以输入某个miRNA family，查看此miRNA靶向的mRNA或者lnRNA。

比如：

会显示该miRNA靶向的编码或者非编码RNA。 

当然，之前我们也说过，如果我们有一堆基因，这样一个个去查，是挺费劲的，那么我们可以批量预测，我们之前发的一篇博客就是提到了如何批量预测。

那我们就点击下载呗，可以下载高度保守的和中度保守的，不过高度保守的可信度高，后续做基础实验也更容易出结果，但是中度保守也见过有文章做出结果的，所以想要怎么做生信分析，就看分析人个人的想法了。 

除了自己做分析以外，还可以用下面的网站进行查阅

数据库查询分类

lncRNABase：http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php

starbase: http://starbase.sysu.edu.cn/

RegRNA2.0：http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/detection.html