生物信息学与R语言
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用R确定最适的Cut-off值
用R确定最适的Cut-off值原创 2023-01-01 11:50:36 · 1794 阅读 · 3 评论 -
(生物信息学)R语言与统计学入门(九)—— 单因素cox回归分析
COX回归模型,又称“比例风险回归模型(proportional hazards model,简称Cox模型)”,是由英国统计学家D.R.Cox(1972)年提出的一种半参数回归模型。该模型以生存结局和生存时间为因变量,可同时分析众多因素对生存期的影响,能分析带有截尾生存时间的资料,且不要求估计资料的生存分布类型。由于上述优良性质,该模型自问世以来,在医学随访研究中得到广泛的应用,是迄今生存分析中应用最多的多因素分析方法。原创 2022-04-26 17:33:38 · 12856 阅读 · 0 评论 -
数据太大的时候,R语言如何读取?
一般我喜欢把文件储存成csv格式,然后用read.csv读取文件。也有的人习惯储存数据为txt格式,然后用read.table读取文件。但是当数据太大的时候,read.csv和read.table似乎就不适用了。首先读取慢,而且读到最后会读一个寂寞。比如下面这个文件:有三个多G,用read.csv读取的时候,会发生什么状况呢?setwd("D:\\")dir()data <- read.table("GSE149614_HCC.scRNAseq.S7191...原创 2022-04-16 17:26:57 · 12693 阅读 · 8 评论 -
分享一个TCGA数据库
TCGA(The Cancer Genome Atlas, 癌症基因组图谱)是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目,旨在应用高通量的基因组分析技术,以帮助人们对癌症有个更好的认知,从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。原创 2022-03-23 02:45:00 · 5187 阅读 · 0 评论 -
分享一个铁死亡数据库
铁死亡(Ferroptosis )是一种铁依赖性的,区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。该数据库的链接是:http://www.zhounan.org/ferrdb我们来看一看这个数据库:这是数据库主界面,可以看到此数据库是在不断更新中。数据库分类:driver:诱导铁死亡的基因suppressor:抑制铁死亡的基因marker:发生铁死亡时的标志物inducer:诱导铁死亡的化合物inhibitor:抑制铁死亡的化合物disease:铁原创 2022-03-21 01:02:33 · 3126 阅读 · 2 评论 -
选择最适cut-off值的原因及X-tile的使用
为什么要选择最适的cut-off值。原创 2022-03-19 08:00:00 · 14955 阅读 · 18 评论 -
R语言中主要的颜色对照图
R语言作图,颜色的选择是比较头疼的事情,以下向大家分享R语言中主要的几百种颜色。原创 2022-03-03 08:59:34 · 8401 阅读 · 0 评论 -
(生物信息学)R语言绘图初-中-高级——3-10分文章必备——生存曲线(初级)
(生物信息学)R语言绘图初-中-高级——3-10分文章必备——生存曲线(初级)原创 2022-07-04 21:35:08 · 3545 阅读 · 3 评论 -
突变瀑布图及亚型突变瀑布
突变瀑布图,不同亚型的突变瀑布图如何绘制。原创 2022-03-06 23:48:46 · 3876 阅读 · 12 评论 -
如何批量预测lncRNA靶向的miRNA?
lncRNA能够将miRNA吸附过来,相当于竞争性结合,不让miRNA对mRNA发挥作用,因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络,简称ceRNA。在做生信分析时,我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA,可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。那么问题来了,大部分网站通常都是输入一个lncRNA,预测与其结合miRNA。如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA,如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。我向大家推荐一个网站:mircode。原创 2022-03-17 15:27:47 · 9402 阅读 · 3 评论