R语言：箱型图代码（仅用于自学）

R语言：箱型图代码（仅用于自学）

最近在画图用到箱型图，故搬运自己觉得好用的箱型图代码，仅用于我自己学习，算是记录自己的学习历程。

1.数据准备

数据的行是样本名称，列是我需要绘制箱型图的基因名称，并且在最后两列自己添加了分组信息和样本名称列，因为等下需要进行数据框的长宽型转化，将数据转化成长型数据。

tbrown <- read.csv(file = "D:/MPCC/tbrown.csv")

2.数据长宽型转化

data表示操作的数据集，key表示根据什么分类变量变成长型数据（因为我是根据基因表达量画图的，所以我将key设置成gene），value代表数值（我的数值是基因的表达量，所以我将value设置成Expression），第四个参数表示哪些变量（列名）不用变，用的是*c()*向量函数，不要忘记前面有一个"-"号。

library(tidyr)
tbrown$sample <- rownames(tbrown)
aa <- gather(data = tbrown,key = gene,value = Expression,-c("sample","group"))

转化好的数据集aa长这样

3.画图，首先是boxplot()

这种不适合画箱体特别多的，会很挤，血的教训，特别是我这种菜鸡，没找到办法调，就真的很挤

par(mfrow = c(1,1))#保证画面出现的图是1行1列的
boxplot(Expression~gene,data=aa,
        boxwex=0.25,at=1:30-0.3,#每组要画n个箱子，at就等于1：n,至于-0.3是为了不让箱子叠到一起
        subset=group=="normal",col="yellow",#选取子集
        main="Expression of hub gene of brown module",
        xlab="gene",
        ylab="log2(FPKM+1)",
        xlim=c(0,30),
        ylim=c(0,10),
        yaxs="i")
        
boxplot(Expression~gene,data=aa,add=T,#add=T表示在当前箱型图上再添加新的箱型图
        boxwex=0.25,at=1:30,
        subset=group=="CRC",col="orange")#选取子集
        
boxplot(Expression~gene,data=aa,add=T,
        boxwex=0.25,at=1:30+0.3,
        subset=group=="SCRC",col="red")#选取子集
                
legend(x = 28,y = 9,c("normal","CRC","SCRC"),fill = c("yellow","orange","red"))#x和y表示画在x轴的28.5,y轴9的位置

画好之后的图长这样，横轴的字体我想竖着放，但是我太菜了，我看了参数没找到怎么改,横着放我也没找到该怎样才能只显示一次基因名，总之就是我太菜了，不知道咋解决。

4.画图，接着是ggplot2

最常见的一种

library(ggplot2)
ggplot(aa, aes(x=gene, y=Expression, fill = group)) +
  scale_fill_manual(values = c("yellow","orange","red")) + #设置颜色
  geom_boxplot()+
  #coord_flip()+#箱体90度旋转
  #geom_boxplot(outlier.colour="red", outlier.shape=8, outlier.size=4)+#设置显示极端值，没有特殊需求可以不用管这步
  xlab("Gene Name") + 
  ylab("log2(FPKM+1)") + 
  labs(title = "Expression of hub genes of brown module")+ 
 theme(panel.background=element_blank(),panel.border=element_rect(linetype="solid",fill=NA))+#去除背景加上黑色外边框
  theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))#angle = 70表示横轴标题倾斜70度

画出来的图长这样

将各组分开显示的箱型图

ggplot(aa, aes(x=gene, y=Expression, fill = group)) +
    scale_fill_manual(values = c("yellow","orange","red")) + 
    geom_boxplot()+
    facet_wrap(~group)+#只比上面的图多这一步，表示根据分组显示
    #coord_flip()+#箱体90度旋转
    xlab("Gene Name") + 
    ylab("log2(FPKM+1)") + 
    labs(title = "Expression of hub genes of brown module")+ 
    theme(panel.background=element_blank(),panel.border=element_rect(linetype="solid",fill=NA))+#去除背景加上黑色外边框
    theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))

画出来是这样滴

黄色背景箱型图

library(ggthemes)
  ggplot(aa, aes(x=gene, y=Expression, fill = group)) +
    geom_boxplot()+
    theme_wsj()+
    scale_fill_wsj()+
    guides(fill=guide_legend(title=NULL))+ 
    theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))

画好之后长这样

黄色背景箱型图分组显示

library(ggthemes)
  ggplot(aa, aes(x=gene, y=Expression, fill = group)) +
    geom_boxplot()+
    theme_wsj()+
    scale_fill_wsj()+
    guides(fill=guide_legend(title=NULL))+ 
    theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))+
    facet_grid(.~group)#加这句就会分组显示，上面的只是没有这行代码

画好之后长这样

蓝色背景代码

library(ggthemes)
ggplot(aa, aes(x=gene, y=Expression, fill = group)) +
    geom_boxplot()+
    theme_economist()+
    scale_fill_economist()+
    guides(fill=guide_legend(title=NULL))+ 
    theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))

画好之后长这样

蓝色背景分组显示代码

library(ggthemes)
ggplot(aa, aes(x=gene, y=Expression, fill = group)) +
    geom_boxplot()+
    theme_economist()+
    scale_fill_economist()+
    guides(fill=guide_legend(title=NULL))+ 
    theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))+
    facet_grid(.~group)#加这句就会分组显示

画好之后长这样