R实用绘图--相关性热图

所需数据格式

准备好相关系数和显著性两个数据文件，数据展示如下。

相关系数矩阵

image-20231130185053165

显著水平矩阵

image-20231130185144150

数据处理

# 加载包
library(corrplot)

# 读取相关系数矩阵
corr <- read.csv('./corr.csv',row.names = 1)
# 读取显著水平矩阵
pvalue <- read.csv('./pvalue.csv',row.names = 1)

# 把数据由数据框转换为矩阵格式
corr <- as.matrix(corr)
pvalue <- as.matrix(pvalue)

#设置颜色
addcol <- colorRampPalette(c("red", "white", "blue"))

绘图并保存

#绘图并保存
pdf("plot.pdf", width = 8, height = 8) 
corrplot(corr, # 相关性矩阵
         method = "color", # 表示用颜色表示相关性大小
         col = addcol(100), 
         tl.col = "black", # 文本标签的颜色
         tl.cex = 0.8, # 文本标签的字符大小
         tl.srt = 90, #  文本标签的旋转角度
         tl.pos = "td", # 文本标签位置，td表示顶部和对角线 
         p.mat = pvalue, #  P 值矩阵
         diag = T, # 是否显示对角线上的相关性值
         type = 'upper', # 只绘制上三角部分
         sig.level = c(0.05), # 设置显著性水平阈值，可设置多个
         pch.cex = 1,  # 显著性标记字符大小
         pch.col = 'grey20',  # 显著性标记字符颜色
         insig = 'label_sig',
         order = 'AOE', #设置一种排序方式
         )
dev.off()

绘图效果

image-20231130195417936