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免疫组库分析
文章平均质量分 93
孟德尔的奇妙之旅
这个作者很懒,什么都没留下…
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免疫组库数据分析(三):免疫组库数据可视化
免疫组库数据分析(三):免疫组库数据可视化前言在系列文章第二篇《免疫组库数据分析(二):Excel 分析免疫组库数据》中,分析了免疫组库中V基因、J基因、V-J组合的使用频率。在氨基酸水平,分析了CDR3 的氨基酸的长度分布以及20种氨基酸的使用频率;在免疫组库多样性方面,分析了4种不同的多样性指数。本篇将利用作图软件Graphpad prism 8以及Excel 将上述分析的数据进行可视化,此外利用在线工具分析CDR3 氨基酸保守性,或者两组样本CDR3长度的氨基酸差异。数据可视化1. 免疫组库原创 2021-06-12 21:39:02 · 5565 阅读 · 0 评论 -
免疫组库数据分析(二):Excel 分析免疫组库数据
免疫组库数据分析(二):Excel 分析免疫组库数据前言在系列文章第一篇《免疫组库数据分析(一):windows 系统下MiXCR的安装和使用》讲解了5’RACE实验数据如何在Window系统下进行初步的比对拼接与输出文件操作。本篇将讲解如何利用Excel对CDR3克隆子输出文件进行分析。按照数据清洗、数据筛选及计算分析方面进行如下分析选择目的TCR链序列去除无效CDR3序列重新计算每一个克隆的所占比例计算克隆子中V、J基因的使用频率(Clone counts水平与Clone types水平)原创 2021-06-12 21:29:16 · 4271 阅读 · 1 评论 -
免疫组库数据分析(一):windows 系统下MiXCR的安装和使用
免疫组库数据分析(一):windows 系统下MiXCR的安装和使用前言: 免疫系统的T细胞或者B细胞免疫组库的多样性主要取决于抗原决定簇CDR3区域的多样性,CDR3区域有部分V基因的3端到J基因的5‘端序列构成,其中包含D基因。因此如何多维度的分析CDR3至关重要。 本系列文章分析小鼠 5’RACE实验数据,并在Windows 系统下用MIXCR进行初步分析,利用Excel进行进一步分析,利用Graphpad prism 8 以及在线绘图网站进行一系列的可视化分析。希望以少代码原创 2021-06-12 21:10:39 · 3593 阅读 · 3 评论