Linux相关操作

读取当前页面下的文件夹名称并生成list

 for i in GSE*; do echo $i >> final.list; done

能够生成一个list，包含以GSE开头的文件夹名称的list。

根据list并行多个文件并提交

批量提交一般应用于大型服务器任务，如果你的服务器是slurm提交，照抄以下代码即可，如果不是slurm提交，可以在生成之后用类似bash 1.sh & bash 2.sh批量运行。
首先你需要有三个文件:

job_temp.sh是你想要并行的脚本，而makejob.sh可以创建并行，final.list作为参数被makejob.sh读取并传入job_temp.sh。
这里我们一起看一看两个代码
job_temp.sh:

#!/bin/bash
cd INPUT
”你的脚本内容“

你只需要把你要执行的脚本放入""位置即可，路径要写对哦。
makejob.sh:

#!/bin/bash
cat final.list | while read input; do sed -e s/INPUT/${input}/g job_temp.sh > job_${input}.sh; sbatch job_${input}.sh; done

这个代码能够将list中每一个input都当作不同的输入，通过sed传递，将job_temp.sh中的每一个INPUT都用input代替，并生成job_${input}.sh，最后用sbatch批量提交。

批量删除每一个文件夹下的文件

同样还是需要一个文件夹的list。

#!/bin/bash
cat final.list | while read input #读取list，传入管道
do 
cd ${input}
rm -rf !(fileA|fileB)
cd ..
done

当然也可以同时保留三个，类似这样。

cat paired.list | while read input 
do 
cd riceGSE/PAIRED/${input}
rm -rf !(SRR_Acc_List.txt|fastq|SRR)
cd ../../..
done

查看内核版本

cat /proc/version

查看当前目录下文件夹大小

du -lh --max-depth=1

查看当前目录下文件个数

cat final.list | while read input; do cd ${input}; echo ${input}; ls -l | grep ^- | wc -l ; cd ..; done

使用cGroup限制高占用用户

ubuntu使用cgroup: link.

将dash改为bash

exec bash

更改pip的默认缓存位置

pip config set global.cache-dir "/mnt/data/bowen/.cache/pip"

rsync 传输文件

sudo rsync -v --no-inc-recursive --info=progress2 -a /mnt/md0/ .