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单细胞
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GlancerZ
这个作者很懒,什么都没留下…
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单细胞barcode和umi的作用
每个Gel Beads 上都会有多段特殊序列,是预先制备的,我们以红色框选中的一段序列说明。Read1是上游引物。10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列,在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的,在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后,可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列,也就可以认定这些序列来自同一个细胞。所以我们通常说Barcode序列是用来标记细胞的。UMI是一段12nt的核苷酸序列,但与Barcode序列不同的是,一个Gel Beads.原创 2021-09-08 10:26:14 · 18106 阅读 · 0 评论 -
单细胞cellranger处理流程
单细胞cellranger处理流程单细胞cellranger处理代码aggr.csv的制作单细胞cellranger处理代码一套流程直接跑通!首先你要cd切换到工作目录,在cellranger定量那一步,需要更改你的reference位置,然后把下面这些代码复制到一个sc.sh文件中运行就可以了。(没提到的地方都不用改啦)mkdir SRRmkdir fastq#建立两个文件夹#下载数据prefetch -O SRR/ --option-file SRR_Acc_List.txt#SRR原创 2021-08-18 23:54:25 · 1666 阅读 · 2 评论