【R语言】计算多样性指数出现空值NA

已于 2024-01-10 16:00:19 修改
阅读量587 收藏 10
点赞数 6
分类专栏： R语言 文章标签： r语言 开发语言
于 2024-01-10 15:57:05 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_48076899/article/details/135505688
版权
本文描述了在计算生物多样性的Shannon、Simpson、Richness和Ace指数时遇到空值问题，原因是程序中断导致ASV缺失。解决方法包括删除包含空值的行和在读入数据时将空值替换为0。
摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

出现问题

计算多样性指数，算出Shannon,Simpson,Richness和Ace指数都是NA

注:相对丰度算不了ace指数，要用reads

发现原因

有的样品中的某个ASV是空值
在这里插入图片描述
补充说明：其实最后发现本质原因是 将ASV表抽平时程序未运行完成就中断，导致这个ASV在某些样品中是空值，且有丢失的ASV。---->重新抽平即解决（本次主要想记录出现空值该怎么解决）

解决方法

把空值行删掉

df2<-df[,rownames(index)[is.na(index$Ace)]]
rows_with_na <- df2[apply(df2, 1, function(row) any(is.na(row))), ]

在这里插入图片描述
读入的时候，去掉空值

空值补0

df[is.na(df)]<-0

在这里插入图片描述

不是伍壹
关注
  • 6
    点赞
  • 踩
  • 10
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
专栏目录
R语言：医药股票数据分析
weixin_47196513的博客
06-13 5693
一、实验介绍 本篇文章从我国医药行业中选取四只较为典型的股票数据作为背景，使用R语言进行分析。文章主要包括以下几部分内容： 1. 加载相关程序包 2. 获取股票数据 3. 绘制股票k线图 4. 股票对数收益率 5. 绘制布林线指标 6. 计算医药股票的相关性 二、 R语言操作 1. 加载相关程序包 首先我们需要加载一下接下来文章中所要用到的软件包 install.packages("quantmod") library(quantmod) library(zoo) library(xts) librar
R语言教程-基础篇.pdf
01-11
4. 空值：在统计数据中常常会出现一些缺失的值，R 语言中用一个特殊的值 NA（大写）来表示。NA 与其他数据的运算结果都是 NA。 数据对象 R 语言中数据对象是指包含一组数值的数据类型，主要包括向量、矩阵、数组、...
R语言：vagen包做微生物香农指数分析，ggplot2画箱线图
weixin_69558614的博客
03-22 1060
write.table(alpha,"alpha.csv",row.names=T,col.names=TRUE,sep=",") #保存数据。> alpha=data.frame(shannon,simpson,check.names=T) #合并数据为数据框。> simpson=diversity(otu,"simpson") #计算辛普森指数。> df <- read.xlsx("a.xlsx") #在excel中整理了数据。) #加入两组差异比较，使用t.test。看来都没有显著差异。
自定义函数 | 批量计算微生物群落的alpha多样性
R酷的数据科学笔记
10-23 539
批量读取一个表格中的多个sheet，通过定义微生物群落alpha多样性指标计算函数，批量计算所有数据的alpha多样性，并批量导出数据！
R语言基础入门（学习笔记通俗易懂版）
热门推荐
qq_74093550的博客
01-19 5万+
适用生信、医学等相关专业，R语言基础入门（个人学习通俗易懂版）
如何用R语言在生物群落生态学中的数据统计分析？
zhkjjww的博客
03-06 816
主要特点为聚焦生态学研究领域，从R语言基础操作和作图、数据准备整理，到各种数量分析方法的应用情景分析，实现从数据整理到分析结果展示的完整科学研究数据分析过程，将《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》及《统计结果作图》进行了组合（7合1）。泊松、伪泊松、负二项、零膨胀泊松、零膨胀负二项、零截断泊松及零截断负二项模型。5）长宽数据转换、空值（NA）等填充及删除、分组、排序及汇总等。
基于R语言对哺乳动物睡眠时间sleep数据集的分析
Fishwetmaster的博客
10-26 4242
前言 R作为一种统计分析软件，是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX,Windows和Macintosh的操作系统上，而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统，相比于其他统计分析软件，R还有以下特点： 1.R是自由软件。这意味着它是完全免费,开放源代码的。可以在它的网站及其镜像中下载任何有关的安装程序、源代码、程序包及其源代码、文档资料。标准的安装文件身自身就带有许多模块和内嵌统计函数,安装好后可以直接实现许多常用的统计功能。 2.R是一种可编程的语言。作为一个开放的统计编程环境,语法通俗易懂,.
R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程
2301_78164062的博客
02-21 1517
R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程
R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图
CCfz566的博客
04-07 198
R 语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。课程的主要特点为聚焦生态学研究领域，从R语言基础操作和作图、数据准备整理，到各种数量分析方法的应用情景分析，实现从数据整理到分析结果展示的完整科学研究数据分析过程，将《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》及《统计结果作图》进行了组合（7合1）。
如何快速运用R语言实现生物群落（生态）数据统计分析与绘图
zmjia111的博客
05-29 2219
4）案例3人类活动、环境条件、物种属性对动物领域大小相对贡献（relative roles）：混合模型、嵌套结构、分组分析及分类变量SEM实现。3） 案例2乌龟适宜生境差异检验（2组比较）及解释：PERMANOVA、MRPP、ANOSIM及Dispersion test。4）广义线性混合效应模型分析计数数据及模型选择：泊松、伪泊松、负二项、零膨胀泊松、零膨胀负二项、零截断泊松及零截断负二项模型。4） RDA、db-RDA及CCA等约束排序图：三序图（triplot）和韦恩图（venn）
R语言使用方法总结.docx
09-28
本文总结了R语言中的描述性统计量计算方法，包括summary()、apply()、describe()、stat.desc()等函数的使用方法，并且对分组计算描述性统计量的方法进行了总结。 描述性统计量计算 描述性统计量是指对数据进行总结...
R语言傻瓜教程-1基础.docx
10-29
R语言有四种基本数据类型：数值型、字符型、逻辑型和空值（NA）。数值型用于数学计算，字符型用于文本数据，逻辑型只有TRUE和FALSE两种值，NA代表缺失值。在处理数据时，需要特别注意NA与其他数据的交互，因为它们...
R语言绘制SCI科研堆积百分比柱状图源代码.zip
05-01
本资料包“R语言绘制SCI科研堆积百分比柱状图源代码.zip”就专注于教授如何使用R语言制作这种图表，适用于已经有一定R语言基础的学习者。 堆积百分比柱状图是一种特殊的柱状图，它将每个类别的总和设为100%，然后...
R语言傻瓜教程-1基础.pdf
10-29
- **安装R和RStudio**：R语言本身是命令行工具，对新手可能不够友好，因此通常推荐使用RStudio，一个集成开发环境（IDE）。RStudio依赖于R，因此首先需要下载并安装R。 - **启动R**：不使用RStudio时，可以直接双击R...
Bubbliiiing 的 Retinaface rknn python推理分析
gaoxukkk888的博客
07-18 463
使用的是Bubbliiiing的深度学习教程-Pytorch 搭建自己的Retinaface人脸检测平台的模型，下面是项目的Bubbliiiing视频讲解地址以及源码地址和博客地址；作者的项目讲解视频：https://www.bilibili.com/video/BV1yK411K79y/?项目源码地址：https://github.com/bubbliiiing/retinaface-pytorch。
【JAVA】深入理解Hutool中的Pair、Triple和Tuple：组合数据的新方式，方法返回多个值，嘎嘎香，谁用谁知道，比原生好用更强大
最新发布
hs598375774的博客
07-18 555
Pair用于存储两个元素的键值对，通常包含一个键和一个值。这种结构在需要将两个相关联的数据项作为一个单元进行操作时非常有用。键值结构：提供键（left）和值（right）两种数据的存储。不可变性：一旦创建，Pair中的值不能被修改，保证了数据的不可变性和线程安全。使用场景：存储用户ID和名称、记录商品价格和库存数量等。
R语言学习笔记10-向量-矩阵-数组-数据框-列表对比
weixin_42333247的博客
07-17 249
数据框是R中常用的二维表格型数据结构，类似于数据库中的表格，每列可以是不同类型的数据（例如数值、字符、因子等）列表是一种复合数据结构，可以包含不同类型的数据对象，每个元素可以是向量、矩阵、数据框或其他列表等。矩阵是由相同数据类型的元素按行列组成的二维数据结构。向量是R中最基本的数据结构，可存储相同类型的元素。数组是由相同类型的元素组成的多维数据结构。
Transformer模型：Decoder的self-attention mask实现
weixin_62472350的博客
07-14 746
这是对Transformer模型Word Embedding、Postion Embedding、Encoder self-attention mask、intra-attention mask内容的续篇。
R语言将NA变为空值
05-26
在R语言中，可以使用is.na()函数来判断某个值是否为NA，然后使用赋值操作符"<- c(1, 2, NA, 4, 5) # 判断哪些元素是NA is.na(x) # 将NA值赋值为NULL或空值 x[is.na(x)] <- NULL # 打印出结果 x ``` 这样，向量中的NA值就被替换成了空值。请注意，赋值操作符"<-"是将NA值赋值为NULL或空值的关键步骤，同时要注意处理NA值的方式要根据具体情况而定。如果需要将所有NA值都替换为NULL或空值，则可以使用apply函数等进行批量处理。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值