【QIIME2】真菌ITS数据库_UNITE9.0在QIIME2中的使用

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分类专栏： QIIME2 文章标签： 笔记 经验分享
于 2024-02-21 09:41:07 首次发布
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【QIIME2】细菌16s数据库_Greengenes2
weixin_48076899的博客
02-19 3405
用于物种分类的软件或插件叫“分类器”，这些分类器因为采用了机器学习原理，在正式用于你的数据分类前必须训练这些分类器，以便让软件“学会”哪些特征可以最好地区分每个分类组。参考[2]注1：训练分类器需要用到特定的物种分类数据库（比如Greengenes database）和你自己测序时的引物序列，训练步骤是：先用引物定位Greengenes中的参考序列，然后截取出这些参考序列（截取出的参考序列长度和你测序获得的序列长度类似），然后把这些序列与物种分类名称匹配，这样就获得了“分类器”。要么用上面两个为一套。
【QIIME2】细菌16s数据库_Greengenes
weixin_48076899的博客
08-01 975
由于Bugbase功能注释时，输入的OTU表需经Greengenes注释（且由于时间原因须是第一版），故尝试使用Greengenes对16S进行注释。
强力推荐：unite-train——加速真菌分类的神器
gitblog_00775的博客
09-12 411
强力推荐：unite-train——加速真菌分类的神器 unite-train ???? Qiime2 ITS classifiers for the UNITE database 项目地址: https://gitcode.com/g...
NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库——处理未分类和并行分类
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11-04 4495
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NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库——处理未分类和并行分类(数据库文章阅读模板)
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03-25 1万+
上方文章标题要求：包括杂志名缩写(一个词的杂志名不缩写，两个及上用实词首字母)和吸引人且有重要信息的语句，中间用中文冒号(：)分隔 注：文中灰色部分（引用格式）为写作说明文字，帮助编辑规范Markdown语言创造笔记和完成必要的内容，在正式稿件中可删除 目录[TOC]，用于把握全文的层级结构，方便导航；一般分为三级标题；一级为文章标题，二级为摘要、背景、结果、方法和结论等，三级为主要结果...
分享一个小玩意 真菌UNITE物种分类数据库
qq_35823062的博客
06-24 1683
分享一个小玩意 真菌UNITE物种分类数据库，2021.10.05版本
FungalTraits: 超越FUNGuild的最新真菌表型数据库
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-29 8611
Link:https://link.springer.com/article/10.1007/s13225-020-00466-2Journal: Fungal Diversity基于F...
QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2021.2)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-15 1127
数据资源 Data resourceshttps://docs.qiime2.org/2021.2/data-resources/q2-feature-classifie使用的分类学分类器...
qiime2.yml文件
11-23
- **教学和教程**：教育工作者可以提供特定版本的yml文件，确保学生在学习过程中使用的是正确的工具集。 总结来说，qiime2.yml文件是Qiime 2生态系统的重要组成部分，它不仅管理着软件的配置，还为用户提供了版本...
2003554使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据_final1
08-08
《使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据》 微生物组研究在近年来已经成为生命科学研究的热点，其中16S rRNA基因扩增子测序技术因其高通量、成本效益高的特性，被广泛用于微生物群落结构的解析。QIIME...
数据集成到真菌数据库
02-14
数据集成到真菌数据库
QIIME2最佳实践之QIIME2-Amplicon安装、分类器及数据库下载
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03-12 1499
QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台。QIIME 2从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。官方安装文档：https://docs.qiime2.org/2024.2/install/native/#miniconda。
QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-26 9015
声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新，新阅读英文原版 https://docs.qi
Q2_ITSxpress-Qiime2 ITS 分析插件安装及使用，2024年最新2024Linux运维网络编程总结篇
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04-18 860
最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！
UNITE数据库怎么用
Rosebud的博客
04-13 6959
UNITE数据库怎么用首先，从UNITE官网下载数据库，得到一个压缩包拿到后，要将其转化Qiime2可用的，用下面的代码就可以实现：但是，我在做的时候发现，这样注释出来的有很多unassigned，所以，需要对这个库进行训练： UNITE（https://unite.ut.ee）是一个基于网络的真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码——核核糖体内部转录间隔区（ITS）区域，并提供所有～1,000,000公共真菌ITS参考序列。 不过，往往因为网络问题，上不去这个网。 首先，从UNI
2024.05.27【微生物多样性】|使用QIIME 2进行16S/18S/ITS序列分析【AI测试版】
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在微生物生态学研究中，了解样本中微生物群落的多样性是至关重要的。QIIME 2是一个开源的生物信息学软件包，用于微生物组数据的分析和解释。本教程将引导生物信息初学者通过QIIME 2进行16S/18S/ITS序列的微生物多样性分析。
全了！最新真核生物rRNA和ITS物种分类数据库，来咯！
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在生物学的广袤领域中，真核生物的研究一直是重难点。
qiime2简单配置
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设定conda path export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH 打开qiime2 source activate qiime2-2018.8 测试qiime2 qiime --help 查看目前的shell echo $0 发现是zsh，打开tab补全功能 autoload bashcompinit && bashcomp...
NBT：可重复交互式的微生物组分析平台QIIME 2(2021.2发布)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-15 1378
2010年发表于Nature Methods的QIIME[发音同chime]是微生物组领域最广泛使用的扩增子数据分析流程，截止2021年3月14日，Google Scholar统计引用23...
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