【QIIME2】真菌ITS数据库_UNITE9.0在QIIME2中的使用

不是伍壹

已于 2024-07-11 10:09:03 修改

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分类专栏： QIIME2 文章标签：笔记经验分享

于 2024-02-21 09:41:07 首次发布

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下载UNITE数据库
在QIIME2中使用

下载UNITE数据库

网站：https://unite.ut.ee/
（通常需要科学上网）
在这里插入图片描述
资源下载：https://unite.ut.ee/repository.php
版本选择参考：https://github.com/colinbrislawn/unite-train/releases
一般使用带ref, 相似度99的
使用该版本：

下载链接：
https://files.plutof.ut.ee/public/orig/7D/0C/7D0C329980D2C644CC157A8C76BBD11E78DB8B13286C98D4FEB6ECAC79D67D6F.tgz
（文件过大上传不了，可私信我发送）
（二改：私信总看不到，可以邮箱联系yangziyi2001@126.com）

在QIIME2中使用

#导入QIIME2

qiime tools import \
--type FeatureData[Sequence] \
--input-path sh_refs_qiime_ver9_99_s_all_25.07.2023.fasta \
--output-path unite-ver9-seqs_99_25.07.2023.qza

#导入分类学文件

qiime tools import \
--type FeatureData[Taxonomy] \
--input-path sh_taxonomy_qiime_ver9_99_s_all_25.07.2023.txt \
--output-path unite-ver9-taxonomy_99_25.07.2023.qza \
--input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat

#训练分类器
这个步骤比较耗时（5h+），也比较占用内存（最多70G）。

qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
--i-reference-reads unite-ver9-seqs_99_25.07.2023.qza \
--i-reference-taxonomy unite-ver9-taxonomy_99_25.07.2023.qza \
--o-classifier unite-ver9-99-classifier-25.07.2023.qza

#分类注释（参考的数据库有一个文件时用classify-sklearn的指令）

qiime feature-classifier classify-sklearn \
  --i-classifier unite-ver9-99-classifier-25.07.2023.qza \
  --i-reads rep-seqs.qza \
  --o-classification taxonomy.qza

在这里插入图片描述

补充：
#分类注释vesearch （参考的数据库有两个文件时用vesearch)(一个文件时用classify-sklearn的指令）

time qiime feature-classifier classify-consensus-vsearch \
  --i-reference-reads rep-seq-fungi.qza \
  --i-query rep-seqs-dada2.qza \
  --i-reference-taxonomy ref-taxonomy-fungi.qza \
  --o-classification taxonomy.qza

参考：
[1]UNITE数据库怎么用
[2]适用于QIIME2的UNITE 9.0分类器及训练方法
[3]NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库——处理未分类和并行分类(数据库文章阅读笔记Markdown模板)…