【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本

由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux，而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便，故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。

Windows版本

下载

下载网址(github)：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

安装- 设置环境变量

下载得到sratoolkit.3.1.1-win64.zip压缩包，直接右键解压到当前文件夹。
解压后，进入.\sratoolkit.3.1.1-win64\bin，并将该目录设置为环境变量：

打开中终端管理器（Windows+R后，输入cmd回车）
测试是否安装成功：

fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728

在几秒钟内，该命令应生成此确切的输出（仅此而已）：

Read 2 spots for SRR390728
Written 2 spots for SRR390728
@SRR390728.1 1 length=72
CATTCTTCACGTAGTTCTCGAGCCTTGGTTTTCAGCGATGGAGAATGACTTTGACAAGCTGAGAGAAGNTNC
+SRR390728.1 1 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;;665142;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;96&&&&(
@SRR390728.2 2 length=72
AAGTAGGTCTCGTCTGTGTTTTCTACGAGCTTGTGTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGGGGGACTGGGT
+SRR390728.2 2 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;3;393.1+4&&5&&;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<9;<;;;;;464262

使用

下载SRA

prefetch SRR12147486 #仅以此SRR为例

目前有教程利用脚本批量下载SRA，但是直接输入BioProject号也可以批量下载该BioProject下所有的SRA:

prefetch PRJNA643653

持续下载中…
下载得到的文件会出现在bin文件夹下

转换为fastq格式

fastq-dump --split-files SRR17510933 
## 若不知sra文件是双端还是单端测序，则使用：
fastq-dump --split-3 SRR17510933

Linux版本

下载

同Windows版本，选在合适的系统版本

安装

1. 解压

tar -zxvf sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

2. 设置环境变量：

vim ~/.bashrc
export PATH=$PATH:/home/yangzy/software/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin

注！
此处曾设置环境变量为：

export PATH=$PATH:/mnt/d/WSL/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin #在D盘解压的路径

但是设置失败没有响应，故此步骤需要在Linux下的home路径下设置环境变量

3. 验证 shell 是否能找到二进制文件：

which fastq-dump

这应该产生类似于以下内容的输出：

/Users/JoeUser/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin/fastq-dump

4. 测试工具包是否正常运行：

fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728

在几秒钟内，该命令应生成此确切的输出（仅此而已）：

Read 2 spots for SRR390728
Written 2 spots for SRR390728
@SRR390728.1 1 length=72
CATTCTTCACGTAGTTCTCGAGCCTTGGTTTTCAGCGATGGAGAATGACTTTGACAAGCTGAGAGAAGNTNC
+SRR390728.1 1 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;;665142;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;96&&&&(
@SRR390728.2 2 length=72
AAGTAGGTCTCGTCTGTGTTTTCTACGAGCTTGTGTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGGGGGACTGGGT
+SRR390728.2 2 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;3;393.1+4&&5&&;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<9;<;;;;;464262

使用

与Windows版本命令相同

参考：
[1]github官方文档