【BIOMOD2模型】基于R语言BIOMOD2模型的物种分布模拟

已于 2022-06-17 16:36:13 修改
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分类专栏： 遥感数据与作物模型 文章标签： p2p 经验分享
于 2022-06-17 16:08:22 首次发布
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随着生物多样性全球大会的举办，不论是管理机构及科研单位、高校都在积极准备，根据国家林草局最新工作指示，我国将积极整合、优化自然保护地，加快推进国家公园体制试点，构建以国家公园为主体的自然保护地体系。针对我国目前已有自然保护区普遍存在保护目标不明确、保护成效低下和保护空缺依然存在等问题，科学的鉴定生物多样性热点保护区域与保护空缺显得刻不容缓。

BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型，模拟特定物种与其环境之间的关系，试图利用环境变量来模拟特定物种的生态位

 

weixin_贾
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专栏目录
【R语言】基于Biomod2集成平台探究物种分布区的构建流程（SDMs）
amyniez的博客，欢迎交流讨论
09-02 884
我为什么想要写这个内容呢？其实我已经想了很久了，但是一直没有把所有的代码给理清楚，此外这将是我之后研究的主要方向。本博客讲述了如何基于Biomod2集成平台构建物种分布模型的全流程，以及我在使用该模型时的一些心得，同时还有我提供的一些小福利（一键处理代码），可以十分快捷的帮助你完成SDMs的构建，写出你的中英文论文。
GEE 24：基于GEE实现高空间分辨率物种分布模型的模拟
amyniez的博客，欢迎交流讨论
12-16 1060
使用未分类的卫星图像作为预测变量，以高空间分辨率对物种分布进行建模。对于本例，我们从 GBIF获得了 6 月份（繁殖季节中期）的雪貂（Hylocichla mustelina）观测数据集。首先，我们加载数据并将分析的空间分辨率设置为 90 m。我们对原始 99,939 个观测值进行了精简，每个像素保留一个，从而获得了 34,880 个用于建模的观测值。
使用biomod2生成虚拟负样本（pseudo-absences）
SUN5_The_answer的博客
06-27 1456
biomod2包示例代码运行，并讲解四种虚拟负样本（pseudo-absences）生成方法的原理
Biomod2 （下）：物种分布模型建模
amyniez的博客，欢迎交流讨论
03-04 3948
最终生成的文件为individual_projections，该文件夹中包括.img、.xml两种数据格式，其中包括很多算法如，等多种模型 ，这类似于一个集成算法，集合多个模型，求取模型的平均值，以得出一个更好的模型。首先需要安装biomod2包：install.packages(“biomod2”)
Biomod2 （上）：物种分布模型预备知识总结
amyniez的博客，欢迎交流讨论
03-01 3974
物种分布模型（species distribution model, SDM）又称环境生态位模型、生境适宜度模型、潜在生境分布模型，通过算法对物种分布信息和环境变量数据进行定量分析，从而估计物种生存所需的温度、降水、土壤、植被等环境条件, 模拟物种潜在的地理分布以及全球气候变化对物种分布的影响, 是生态学、生物地理学、进化生物学、保护生物学中常用的一种研究方法。
R语言BIOMOD2模型物种分布
weixin_56135535的博客
03-06 733
BIOMOD2模型
biomod2包括的物种分布模型
guo4032的博客
05-02 137
模型名称 缩写 广义线性模型 Generalized linear model GLM 推进式回归树模型 Generalized boosting model GBM 广义相加模型 Generalized additive model GAM 多元适应回归样条函数Multivariate adaptive regression splines model MARS 分类树分析模型 Classification tree analysis model C
BIOMOD2:biomod2显影平台-开源
05-27
BIOMOD2是一款开源的生物地理学建模平台，它为生态学家和保护生物学家提供了一整套模型工具，用于预测物种在不同气候变化情景下的分布情况。这个平台结合了多种统计和机器学习方法，帮助研究人员分析物种的生态位并...
【R语言实例】物种分布模型介绍
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wong2016的博客
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稀有兰花物种的分布预测模型（
06-04
GIS和信息技术领域的进步使保护工作和策略更进一步，因为现在大多数保护工作都依赖于这些技术。 本研究通过在定义明确的较小区域进行折刀分析并仅使用气候数据，探索了使用极低样本量的MAXENT的预测能力。 Vanda bicolor是一种在园艺上很重要的兰花，生长在印度东北部某些地区，被认为是“脆弱”物种。 本研究报告了在小区域使用不同的地球气候参数的分布预测模型。 通过地面实测进行模型验证可得出显着的成功结果，该结果清楚地定义了MAXENT预测模型以低训练样本获得高成功率（71％）的能力。 在较大区域上使用低样本量会导致模型不稳定，但是将这些样本应用于出现点附近的较小半径可能会提供良好的工作模型。
ENVT5566_Lab2_Species_Distribution_modelling(1) (1).zip
11-23
ENVT5566_Lab2_Species_Distribution_modelling(1) (1).zip
BIOMOD2模型、MaxEnt模型物种分布模拟，生物多样性生境模拟，论文写作
CCfz566的博客
09-18 805
最大熵模型（Maxent模型）利用物种的分布与环境数据，采用特定算法评估物种的生态位，并投射到景观中，可以直观的呈现物种出现的概率、生境适宜度或物种丰富度等，是目前应用最广泛、预测效果最好的物种分布模型。本教程将以实际案例详细讲解，在保护优先区甄选、自然保护区的结构调整与布局优化及其他相关项目中，（1）对区域生物多样性分布及生境进行评估，（2）甄选生物多样性热点分布区域，分析保护空缺，（3）最终得出项目区域的优先保护区规划体系与管理对策。专题八 基于Maxent模型生物多样性热点模拟和保护区格局优化技术。
biomod2简介及Gulo gulo分布模型案例解读
SUN5_The_answer的博客
06-12 7479
biomod2简介及Gulo gulo分布模型案例解读
揭秘生物多样性：R语言、BIOMOD2与机器学习驱动下的物种分布模拟；物种分布模型的建立与评估、优化与多模型集成、结果分析、科学制图等
最新发布
WangYan2022的博客
06-05 1041
BIOMOD2是一个R软件包，用于构建和评估物种分布模型（SDMs）。它集成了多种统计和机器学习方法，如GLM、GAM、SVM等，允许用户预测和分析物种在不同环境条件下的地理分布。通过这种方式，BIOMOD帮助研究者评估气候变化、生境丧失等因素对生物多样性的潜在影响。
R语言：利用biomod2进行生态位建模
amyniez的博客，欢迎交流讨论
11-19 2084
在这里主要是分享一个不错的代码，喜欢的可以慢慢研究。我看了一遍，觉得里面有很多有意思的东西，供大家学习和参考。
BIOMOD2物种分布模拟模型
weixin_xiao5kou4chang6kai4的博客
06-16 1009
BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型，模拟特定物种与其环境之间的关系，试图利用环境变量来模拟特定物种的生态位
Species Distribution Models简介及biomod2的安装
SUN5_The_answer的博客
06-09 3810
SDMs物种分布模型简介及biomod2包的安装
r语言使用maxent进行物种分布模型
10-21
R语言中有一种用于物种分布模型的工具，叫做MaxEnt（Maximum Entropy）。MaxEnt是一种基于最大熵理论的统计建模方法，它能够帮助我们预测和建模物种的分布区域。 MaxEnt的工作原理是通过使用已知的物种采样点数据，...
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