TILs相关代码使用说明readme

此文档用于介绍几个脚本的使用情况

1、组织分割

文件：wsss_wzz.zip
使用说明：

1. 运行name_list.py获得数据的名字表格
2. 运行src/mask 获得需要的mask
3. 运行 src/test2.py

2、细胞核分割和识别——HoVer-net

运行脚本：run_tile_TCGA.sh
需要更改的地方：

--type_info_path= \ 分类信息，直接使用，与训练时所用到的信息一致
--model_path=  \ #模型路径
--input_dir=  \ #需要分割的patch地址
--output_dir=  \ #分割结果存放路径

其他参数在run_tile_TCGA.sh可查看，见名知意
注意：HoVer-net在处理大量数据时会存在遗漏的现象，也就是说部分数据将不被处理，需要反复查漏，进行多次处理

3、后处理过程

文件夹名：processing_cell_tissue
功能：

• 用于纠正HoVer-net错分类的细胞核

• 统计纠正后的类别数（淋巴细胞，肿瘤细胞，间质，其他类）

• 计