【论文阅读】MAMIL

1、基本信息

@misc{Konstantinov_Utkin,  
 title={Multi-Attention Multiple Instance Learning}, 
 author={Konstantinov, AndreiV. and Utkin, LevV.} 
 }

2、摘要

本文提出了基于多注意力的MIL问题求解方法，该方法考虑了包中每个被分析实例的相邻实例。在该方法中，一个注意力模块考虑相邻的实例，使用几个注意力机制来获得实例的不同特征表示，并使用一个注意力模块来联合不同的实例特征表示，提供每个实例和整个包的准确分类。MAMIL以小维度嵌入的形式实现了实例及其邻居的组合表示，以达到简单分类的目的。此外，算法也有效处理了不同类型的实例，使用几个注意力机制模块来实现包中实例的不同特征表示。

3、介绍

基于注意力的深度多示例学习（Attention-based Deep Multiple Instance Learning, AbDMIL）能够有效改进MIL模型，然而现有的基于注意力的MIL方法都有一些缺点。首先它们没有考虑可能对预测产生重大影响的相邻实例，尤其是将图像视为一个包时。

本文的实验表明实例的邻居能够视为实例本身的附加信息，这也是为什么本文建议与k个邻居一起分析每个实例，并将k视为参数。此外，本文建议将所有邻居转换为嵌入向量，该嵌入向量将邻居的所有特征信息收集到一个向量中，并且嵌入是通过注意力来实现的。本文只考虑相邻的实例，并且选择尽可能小的实例，每个实例与邻居联合就可以覆盖整个图像增加的区域，小的实例也具有较简单的处理过程。

本文提出了一种解决MIL问题的多注意力方法，其中一个注意力模块考虑相邻的实例（邻域注意力），使用几个注意力模块（模板注意力）来获得每个实例的不同特征表示，并且使用一个注意力（最终注意力）来联合不同的特征表示，并对每个实和整个包进行分类。

4、MAMIL

4.1、Basics of the attention mechanism

注意力机制可以被视为一种工具，通过它神经网络可以自动区分特征的相对重要性，并对特征进行加权，以提高分类精度。

输入训练包以及对应标签，回归的目标是构造回归函数$f:{\mathbb{R}}^d\to \mathbb{R}$，使其能够利用训练数据$S$来预测新包的输出值$y$。

注意力机制背后的最初想法是取代使用简单的平均输出$y^{\ast }=n^{-1}{\sum }_{i=1}^n{y}_i$来估计新输入特征向量的回归输出值$y$，而是使用Nadaraya Watson回归模型形式的加权平均值：
$$y^{\ast }=\sum _{i=1}^n\alpha (x,x_i)y_i,\text{\hspace{1em}(1)}$$
其中，$\alpha (x,x_i)$表示输入值$x$与第$i$个包的相关性。该相关性的计算方法由Nadaraya Watson核回归定义，它可以视为一个评分函数，用于估计$x_i$有多接近$x$，其计算公式为：
$$\alpha (x,x_i)=\frac{K(x,x_i)}{{\sum }_{j=1}^{n}K(x,x_j)},\text{\hspace{1em}(2)}$$
通常上述评分函数可以通过合并可学习参数进行扩展，如果将$q=W_{q}x$与$k_i=W_k{x}_i$表示为query嵌入与key嵌入，那么注意力权重能够表示为：
$$\alpha (x,x_i)=softmax(q^T{k}_i)=\frac{\exp (q^T{k}_i)}{{\sum }_{j=1}^n\exp (q^T{k}_j)}.\text{\hspace{1em}(3)}$$
其中，$W_q$与$W_k$是参数矩阵，可以通过前馈神经网络进行学习。

4.2、Method

考虑拥有$m$个子图像区域的组织学图像，将子图像区域视为实例$x_{ij}$，整张组织学图像视为包$B_i$。在上面的图中，子图像区域用$I_i$或$I_j$表示。

将所有的实例通过向前传播输入到神经网络中以得到其对应的嵌入$F_i=Conv(I_i),i=1,...,m$，嵌入是为了降低实例维度。

对于每一个补丁，我们还选择由该补丁相邻的补丁构成的邻居集。用$(x_i,y_i)$表示第$i$个补丁的整数坐标，用 M = { 1 , . . . , m } \mathcal{M}=\left \{ 1,...,m \right \} M={1,...,m}表示整个图像中所有补丁的索引集。那么第$i$个补丁的邻居索引集可以表示为：
N i = { j ∈ M : 0 < max ⁡ ( ∣ x i − x j ∣ , ∣ y i − y j ∣ ) < d } , (4) \mathcal{N}_i=\left \{ j\in \mathcal{M}:0<\max {(\left | x_i-x_j \right |,\left | y_i-y_j \right | )} <d \right \} ,\tag{4} Ni​={j∈M:0<max(∣xi​−xj​∣,∣yi​−yj​∣)<d},(4)
其中，$d=1$但也可以设置为任意值，主要取决于补丁的大小。

使用相邻补丁主要是为了利用图像结构的一些有用信息，同时也可以被视为某种数据增强，从而改善分类结果。本文通过注意力机制来计算补丁$I_i$的所有邻居的嵌入$B_i$，计算公式为：
$$B_i=\sum _{j\in {\mathcal{N}}_i}{\alpha }_j^{(i)}{F}_j,\text{\hspace{1em}(5)}$$
其中，$j$代表补丁的$j$个邻居，$F_j$代表邻居在神经网络中对应的嵌入，而${\alpha }_j^{(i)}$代表注意力权重，与公式(3)类似但又不同，其计算公式为：
$${\alpha }_j^{(i)}=softmax(s^i)=\frac{\exp (s_j^{(i)})}{{\sum }_t\exp (s_t^{(i)})}.\text{\hspace{1em}(6)}$$
其中，$s_j^{(i)}=scor{e}_{nb}(F_i,F_j)=F_i^T\tanh (V_{nb}{F}_j)$是计算嵌入$F_i$与$F_j$的注意力打分函数，$V$是学习率参数矩阵。

最后将第$i$个补丁的嵌入与邻居的嵌入进行联合拼接，得到补丁的嵌入：
$$T_i=(F_i,B_j)\text{\hspace{1em}(7)}$$

4.3、embedding templates

该算法提出的另一个重要概念是一组嵌入模板(embedding templates)，这些模板被视为学习向量。此外，模板数量是$C$，其值决定分类质量。模板可以视为多注意力应用到嵌入$T_i$的实现方式。

将模板集合表示为 P = { P 1 , . . . , P C } \mathcal{P}=\left \{ P_1,...,P_C \right \} P={P1​,...,PC​}，第$k$个模板为$P_k$。每个模板注意力都产生相应的聚合嵌入$E_k$，计算公式为：
$$E_k=\sum _{i=1}^m{\beta }_i^{(k)}{T}_i,k=1,...,C\text{\hspace{1em}(8)}$$
其中，${\beta }_i^{(k)}=softmax({⟨score(P_k,T_i)⟩}_i)$。可以看出第$k$个模板的聚合嵌入$E_k$是图像中有邻居的补丁的带权嵌入平均值，即第$k$个模板聚合嵌入了整个包。关于所有补丁以及它们邻居的信息都包含在了向量$E_1,...,E_C$中。

进一步，将$C$个模板的聚合嵌入整合到整体向量$Z$中，该整体向量对应整个包和所有模板，并考虑了包中所有的特性：
$$Z=\sum _{k=1}^C{\gamma }_k{E}_k\text{\hspace{1em}(9)}$$

其中，${\gamma }_k=softmax({⟨scor{e}_{fin}(G,E_k)⟩}_k)$，$G$是作为训练向量的全局模板。模板$G$和相应的最终注意力共同决定了哪些聚合嵌入$E_k$和模板$P_k$是重要的。

4.4、loss function

其中，$BCE$是标准二分类交叉熵损失函数，$Y_k$是真实标签，$f(X_k)$是通过神经网络输出的预测值。BCE损失函数具体公式为：

$x$是网络输出值，$y$是真实标签。

4.5、Computing the patch importance

本文算法的一个关键点为哪些补丁对包的预测具有最大的影响。由于整体嵌入$Z$与补丁嵌入$T_i$之间的关系，这个问题能够得以解决。公式（9）中的$E_k$可以通过补丁对应嵌入的加权和来表示，即变为：

通过这种方式，权值$w_i={\sum }_{k=1}^C{\gamma }_k{\beta }_i^{(k)}$就可以视为补丁的重要性。最后再将第$i$个补丁$I_i$的第$j$个邻居的重要性${\alpha }_j^{(i)}$纳入补丁重要性中，就能够得到最终的第$i$个补丁的重要性计算公式：
$$v_i=w_i+\sum _{j\in N_i}{\alpha }_j^{(i)}{w}_j$$