新手小白对蛋白序列的一般生物信息学分析

蛋白的氨基酸信息分析

这部分包括蛋白的整体氨基酸组成、蛋白质的大小；常用的分析网站如下：

WeTab 新标签页https://predictprotein.org/Expasy - ProtParamhttps://web.expasy.org/protparam/

蛋白的序列分析

这部分包括很多，比如信号肽的预测、跨膜分析、磷酸化、糖基化等

信号肽预测：

SignalP 6.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Serviceshttps://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-6.0/跨膜分析：

TMHMM 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Serviceshttps://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/糖基化位点分析：

NetNGlyc 1.0 - DTU Health Tech - 生物信息学服务https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetNGlyc-1.0/磷酸化分析：

NetPhos 3.1 - DTU Health Tech - 生物信息学服务https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetPhos-3.1/

真核蛋白中富含亮氨酸的核输出信号 （NES）：

NetNES 1.1 - DTU Health Tech - 生物信息学服务https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetNES-1.1/其他的想起来了再补充

蛋白质的二级结构、三级结构分析，常用网站如下：

SWISS-MODEL Interactive Workspacehttps://swissmodel.expasy.org/interactive以及Alphafold3，这个得用谷歌才行；

如果你的蛋白是常见的，用下面的网站找相似的也可以：

RCSB PDB: Homepagehttps://www.rcsb.org/

蛋白的保守位点预测

常用的网站如下：

MOTIF: Searching Protein Sequence Motifshttps://www.genome.jp/tools/motif/以及NCBI，这个可以参见我的另一个博客

写文章-CSDN博客https://editor.csdn.net/md/?articleId=128004337

 蛋白的进化分析

 一般的新手可以将自己的序列输入到NCBI Blast界面，进行比对，下载相似度不同的序列进行进化分析，后续会对各个操作发布详细的操作方法，可以先关注一下

然后对选择的各个序列进行可视化的参看一下之前的博客

适合新手：Jalview 多序列比对显示序列标识（超详细）_jalview教程多序列比对-CSDN博客