IQtree的运行及结果解读

最新推荐文章于 2025-04-22 12:40:25 发布
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运行前准备工作

在 iqtree 运行前一定要将序列进行 alignment(我这里采用的是MAGA11，align by clustalW),然后在中输出FASTA模式
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iQtree 的运行

我的文件放在temp里，-s 文件名，-pre 指定输出位置（切记要先指定，不然就会默认储存在当前运行的路径下）
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结果解读

模式

这部分是为了计算出最佳模式，最后的结果会指明是哪一个，并按照最佳模式得出进化树的结果。
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最终结果

1.是将整个运行的结果记录
2是进化树需要的内容，你可以在iTol （ https://itol.embl.de/ ）,或者chiplot （https://www.chiplot.online/#Phylogenetic-Tree）在线绘制进化树了
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江南素雪
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智商树 通过最大可能高效，通用的系统植物学软件 介绍 IQ-TREE软件是IQPNNI和 （因此称为IQ-TREE）的后继产品。 IQ-TREE受到快速增长的植物统计学数据的推动，从而导致需要能够处理大量数据并提供更复杂的序列进化模型的有效的植物统计学软件。 为此，IQ-TREE可以利用多核计算机和分布式并行计算来加快分析速度。 IQ-TREE自动执行检查点以恢复中断的分析。 作为输入，IQ-TREE接受所有常见的序列比对格式，包括PHYLIP，FASTA，Nexus，Clustal和MSF。 作为输出IQ-TREE，将写入一个自读报告文件（名称后缀.iqtree ），这是一个NEWICK树文件（ .treefile ），可以通过树查看器程序（例如 ， 或 ）可视化。 IQ-TREE的主要功能 高效的搜索算法：快速有效的随机算法，以最大的可能性重建系统树。 IQ-TREE在可能性上优于
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### 关于 IQ-TREE 2 的使用教程和下载链接 IQ-TREE 是一种高效、多功能的软件工具，用于重建最大似然法（Maximum Likelihood, ML）进化树以及评估分子序列数据中的模型拟合情况。以下是关于 IQ-TREE 2 的相关信息： #### 下载链接 IQ-TREE 软件可以在其官方网站上免费获取。用户可以根据自己的操作系统选择合适的版本进行安装。官方下载页面提供了适用于 Linux、macOS 和 Windows 平台的二进制文件[^1]。 - 官方网站: [http://www.iqtree.org](http://www.iqtree.org) - GitHub 页面: [https://github.com/Cibiv/IQ-TREE](https://github.com/Cibiv/IQ-TREE) #### 基本命令示例 以下是一些常用的 IQ-TREE 命令示例，帮助用户快速入门: 1. **构建无根进化树** 构建基于输入多态位点 (SNP) 数据的最大似然树，并指定核苷酸替代模型为 `GTR+F+R6+ASC`。 ```bash iqtree -s SNP.varsites.phy -m GTR+F+R6+ASC -fast -nt 100 --prefix rev_snp ``` 2. **以现有无根树作为模板重新生根** 利用先前生成的无根树 (`rev_snp.treefile`) 进一步优化并生根新的进化树。 ```bash iqtree -s SNP.varsites.phy -m 6.7a+ASC+R5 -te rev_snp.treefile -fast -nt 100 --prefix nonrev_snp ``` 上述两步展示了如何通过局部优化后再全局调整的方式提升进化树的质量。 #### 可视化支持 为了更直观地观察生成的进化树及其对应的序列比对结果，可以借助 iTOL 工具完成在线可视化操作。具体方法包括上传 `.treefile` 文件至 iTOL，在普通模式下加载树形图，并附加相应的序列比对文件以增强分析效果[^2]。 #### 额外资源 如果希望进一步探索与 IQ-TREE 结合使用的其他工具或扩展功能，还可以参考 Hugging Face 上由第三方开发者维护的相关项目，例如剪裁后的 DeepSeek-R1 GGUF 文件[^3]。 --- ###
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