如何快速找到多个基因的结构域和保守位点（conserved domain）

最新推荐文章于 2024-12-16 13:43:37 发布

江南素雪

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分类专栏：蛋白质的生物信息学分析文章标签：经验分享

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以下方法以病毒序列分析为例

1. 分析前准备

将自己的序列以>名称下一行位序列，参照示例，并以.fasta或.fas格式保存
在这里插入图片描述

2. 采用NCBI上进行操作

1. 打开红色箭头位置

打开NCBI后点击红色箭头位置在这里插入图片描述

2. 在tool中选择CD-Search(单序列比对)，后面会有多序列比对提示，见图3红色箭头

在这里插入图片描述

3.点进去之后按下图方式操作

4.等几秒后就会出来结果，点击download，自动以

在这里插入图片描述

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江南素雪

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使用NCBI rpsblast寻找蛋白序列具有的保守Domain (本地版CD-search)

keepaware的博客

09-26

8827

在生信研究中经常需要寻找蛋白序列的Domain，蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分。网页版CD-search能够解决少量蛋白序列的搜索需求，但是若是需要寻找大量的蛋白Domain信息，那么NCBI-blast+安装包携带的rpsblast绝对是最好的选择。

blast mysql 基因序列_【求助/交流】如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?...

weixin_34627088的博客

02-15

1486

本人没有做过分子,所以来问一个很菜的问题.如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?如下列基因:本人比较笨,请用图来说明,谢谢!Arabidopsis thaliana TUB2; GTP binding / GTPase/ structural molecule (TUB2) mRNA, complete cds1 aaacacagag aggagtgagc aataataaaa gc...

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引物设计软件primer_PCR中的引物设计

weixin_39825872的博客

11-28

4116

一.找目的基因的CDS序列保守区域通过Nucleotide数据库查询目的基因进入NCBI的Nucleotide数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/在搜索框直接键入要搜索的基因，这里以人的mTOR基因为例，检索结果如下：Nucleotide数据库的搜索结果还是比较智能的，搜索结果前面推荐的就是我们的要的，我们做基因检测，做的PCR是定量P...

MEGA软件做同源序列比对，粗略找到保守序列

ZhangYiwen_Ya的博客

03-19

5928

好记性不如烂笔头。

TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域)

lxzzzzzzzy的博客

07-30

1万+

使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。

寻找发育调控的关键因子-跨物种转录因子保守性分析（一）：如何从一堆基因中挑选出保守基因（本地blastp）

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Jeriu的博客

12-16

849

1.数据整合：从不同物种（如Danio、Rattus、Drosophila、Xenopus、Worm 等）的基因文件中提取Org_name 和 GeneID，并合并为统一格式。通过 R 代码读取多种格式文件（.txt, .xls, .json），统一存储到 data_all 表格中。 2. 去重和过滤 3. 基因转换 4. 输出结果最终目标：整合各物种的基因数据，去重并过滤后，统一转换为人类基因以进行后续分析。

RHIM domain 的预测—一个超级简单的python在分子生物学中的应用实例

weiwei_wan的博客

03-31

2518

为什么会写这篇文章/无奈脸作为一个曾经的生物狗（现在好像依然是），混迹于分子生物学实验室，偶尔会接到来自实验室导师的小杂活总是不能避免（大部分时候是偶尔看到一篇文章的灵光一现/捂脸）；某一天老板想知道我们目前在研究的某个病毒是否存在RHIM区，好搞个大新闻，一顿 Ctrl + F 之后速度给完反馈后反而激起了对方更强烈的好奇心，干脆把我们有的都找找看吧。。。为了获得更准确的结果，防止人工出错（避免被累死），当时为了肝毕业半年没写过代码的我怒写如下小程序并且采用了一个自己编的并不百分百严谨的评分机制，最近为

CYP38功能结构中的保守氨基酸对拟南芥的影响

本文档《Conserved Residues in the C Terminal Domain Affect the Structure and Function of CYP38 in Arabidopsis_2021_Lujing Shi》（共10页）探讨了拟南芥中CYP38蛋白C末端结构域中保守残基对其结构和功能的...

基因表达数据的局部保守簇高效挖掘

在生物信息学领域，高效挖掘时间延迟的基因表达模式（Efficiently mining local conserved clusters from gene expression data）是一项重要的研究任务，它对生物研究和医学应用具有深远的影响。现有的研究大多集中...

使用划分匹配算法和不等宽标准进行网络比较检测保守的蛋白质复合物

02-26

最后，通过这种不等严格程度的标准，该方法能够在两个输入网络中找到拓扑结构相似的保守蛋白质复合物。研究中所提到的不等宽标准，是指在比较过程中对两个网络的不同部分采取不同程度的宽松性来匹配网络结构。由于...

Conserved mechanisms of repair: from damaged single cells to wounds in multicellular tissues

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Conserved mechanisms of repair: from damaged single cells to wounds in multicellular tissues Conserved mechanisms of repair: from damaged single cells to wounds in multicellular tissues Katie ...

一文了解蛋白功能结构域预测与分析

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对蛋白质的一级、二级和三级结构进行分析和预测、蛋白质的跨膜结构、翻译后修饰、亚细胞定位等进行分析和预测

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Bioinformatics is an study field that develops computational methods and software tool for understanding biological and medical data. 生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量

optionsbuilder.isconfigured 一直为false_做「容量预估」可没有true和false

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11-30

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我是一个着迷于产品和运营的技术人，乐于跨界的终身学习者。欢迎关注我哟～每周五早6点按时送达～我的第「85」篇原创敬上随着20年来互联网的蓬勃发展，一个软件系统所要面对的访问压力上限被逐渐提高。虽然如此，但是那些体量达到亿级或者是千万级的产品也只是少数公司的专属。对于整个行业里百万+的程序员群体来说，估计也就只有10%人有机会接触到这些“大系统”。所以，一提到容量预估，大家可能第一时间想到的是，...

【生信MOOC】生物序列比对工具——多序列比对

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【生信MOOC】生物序列比对工具2——多序列比对 1、多序列比对的定义和用途 2、多序列比对的要求 3、多序列比对工具——EMBL - Clustal Omega 4、多序列比对工具——EMBL - TCOFFEE - Expresso 5、多序列比对的保存格式 6、多序列比对结果编辑——jalview 7、寻找保守区域：序列标识图 WebLogo 8、寻找保守区域：序列基序 MEME 9、寻找保守区域：PRINTS 指纹图谱数据库

基因家族分析

a2505568381的博客

06-17

2764

#下载拟南芥基因组信息 #wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz #wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/cds/Arabidopsis_thaliana.

蛋白质结构域的概念_科普贴！快速get蛋白质组学的研究范围及意义

weixin_35065221的博客

01-16

3069

蛋白质组学(proteomics)采用高通量和大规模的研究手段，从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律，最终达到构建出细胞的“功能图”的目的。结核分枝杆菌效应蛋白 PtpA 的作用机理蛋白质作为生命活动的物质承担者、生理功能的执行者和生命现象的直接体现者，研究蛋白质对阐明生命体的变化机制具有重要...

bilstmcrf词性标注_基于BiLSTM-CNN-CRF的中文分词（一）

weixin_32047035的博客

12-24

1362

一、模型简介在序列标注任务(中文分词CWS，词性标注POS，命名实体识别NER等)中，目前主流的深度学习框架是BiLSTM+CRF。其中BiLSTM融合两组学习方向相反(一个按句子顺序，一个按句子逆序)的LSTM层，能够在理论上实现当前词即包含历史信息、又包含未来信息，更有利于对当前词进行标注。BiLSTM在时间上的展开图如下所示。图1 BiLSTM在时间上展开若输入句子由120个词组成，每个词由...