目标需求:通过Atomsk、Ovito和lammps进行高熵合金的多晶体建模及渲染
内容如下:
- 掌握高熵合金多晶体建模
- 用Ovito对多晶体进行渲染
涉及软件及工具:
工具列表:
- Atomsk
- Ovito
- lammps
方法实例化:
步骤一:Atomsk软件下载及安装
- Atmosk介绍:
Atomsk是一款免费、开源、命令行式程序,致力于分子动力学模拟data文件的创立、操控和格式转换。他不光支持分子动力学可视化和分析软件AtomEye、OVITO等,第一性原理计算软件VASP等、经典势场模拟软件LAMMPS和TEM图像模拟软件DrProbe。 - Atmosk官网下载链接
直接点击超链接或复制下列网址
https://atomsk.univ-lille.fr/dl.php
-
点击软件下载(Download),则转到如下页面
找到自己对于的版本windows // linux -
点击下载Windos 版本(本教程仅在Windows10操作系统下进行演示,因为博主青山的是windows)
下载完成后获得压缩文件(atomsk_b0.11_Windows.zip),解压缩得到(Atomsk_setup.exe),安装过程选择英语,然后下一步……下一步,最后点击完成。
步骤二:Atomsk建立多晶
- 在cmd命令下进入Atomsk文件夹
进入Atmos文件夹存放的盘
输入:d: (冒号不能少)
- 复制路径进入文件夹
输入:cd D:\计算软件\atomsk\Atomsk
- 1.生成单晶Fe晶胞
复制下列代码,回车。
atomsk --create fcc 3.65 Fe Fe.xsf
如果无误的话如上图所示:Fe.xsf文件生成
-
在该文件夹建立一个txt文件,即多晶节点文件,文件名为polycrystal
-
2.在该文本文件polycrystal中输入多晶体信息参数,文件内容如下:
box 200 200 200
random 20
#该文件设定盒子尺寸为200*200*200Am,盒子内随机生成20个晶粒。
- 3.生成多晶文件final.lmp
在cmd窗口中运行下面这段代码
atomsk --polycrystal Fe.xsf polycrystal.txt final.lmp -wrap
#将Fe.xsf晶胞填充到20个晶粒空间内,最终多晶数据保存到文件final.lmp。
如图所示
- 4.4. 修改final.lmp
使用文本编辑器打开final.lmp文件,做以下修改:
#(1)原子类型由1种改为3种:
3 atom types
#(2)添加Ni、Cr原子摩尔质量:
Masses
1 55.845 # Fe
2 58.69 # Ni
3 51.96 # Cr
- 替换原子生成中熵合金FeNiCr合金多晶体结构
#编写in文件,在lammps中使用替换原子法,将部分Fe原子按照比例替换为Ni、Cr,得到合金多晶结构。
units metal
boundary p p p
atom_style atomic
timestep 0.001
neighbor 0.2 bin
read_data final.lmp
set type 1 type/ratio 2 0.33 8793
set type 1 type/ratio 3 0.5 56332
write_data Fe-Ni-Cr.data
步骤三:Ovito渲染
此处不对ovito渲染做详细介绍,这部分可在我上期内容中找到
行文总结:
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青山行客
2022.09.30
国庆快乐!