通过Atomsk、Ovito和lammps进行高熵合金的多晶体建模及渲染

目标需求：通过Atomsk、Ovito和lammps进行高熵合金的多晶体建模及渲染

内容如下：

• 掌握高熵合金多晶体建模
• 用Ovito对多晶体进行渲染

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涉及软件及工具：

工具列表：

1. Atomsk
2. Ovito
3. lammps

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方法实例化：

步骤一：Atomsk软件下载及安装

• Atmosk介绍：
  Atomsk是一款免费、开源、命令行式程序，致力于分子动力学模拟data文件的创立、操控和格式转换。他不光支持分子动力学可视化和分析软件AtomEye、OVITO等，第一性原理计算软件VASP等、经典势场模拟软件LAMMPS和TEM图像模拟软件DrProbe。
• Atmosk官网下载链接
  直接点击超链接或复制下列网址

https://atomsk.univ-lille.fr/dl.php

• 点击软件下载（Download），则转到如下页面
  找到自己对于的版本windows // linux

• 点击下载Windos 版本（本教程仅在Windows10操作系统下进行演示，因为博主青山的是windows)
  下载完成后获得压缩文件（atomsk_b0.11_Windows.zip）,解压缩得到（Atomsk_setup.exe），安装过程选择英语，然后下一步……下一步，最后点击完成。

步骤二：Atomsk建立多晶

• 在cmd命令下进入Atomsk文件夹
  
  进入Atmos文件夹存放的盘

输入：d:  (冒号不能少）

• 复制路径进入文件夹

输入：cd D:\计算软件\atomsk\Atomsk

• 1.生成单晶Fe晶胞
  复制下列代码，回车。

atomsk --create fcc 3.65 Fe Fe.xsf

如果无误的话如上图所示：Fe.xsf文件生成

• 在该文件夹建立一个txt文件，即多晶节点文件，文件名为polycrystal
  

• 2.在该文本文件polycrystal中输入多晶体信息参数，文件内容如下：

box 200 200 200
random  20
#该文件设定盒子尺寸为200*200*200Am，盒子内随机生成20个晶粒。

• 3.生成多晶文件final.lmp
  在cmd窗口中运行下面这段代码

atomsk --polycrystal Fe.xsf polycrystal.txt final.lmp -wrap
#将Fe.xsf晶胞填充到20个晶粒空间内，最终多晶数据保存到文件final.lmp。

如图所示

• 4.4. 修改final.lmp
  使用文本编辑器打开final.lmp文件，做以下修改：

#（1）原子类型由1种改为3种：
3  atom types
#（2）添加Ni、Cr原子摩尔质量：
Masses
1   55.845             # Fe
2   58.69              # Ni
3   51.96              # Cr

• 替换原子生成中熵合金FeNiCr合金多晶体结构

#编写in文件，在lammps中使用替换原子法，将部分Fe原子按照比例替换为Ni、Cr，得到合金多晶结构。

units           metal
boundary        p p p
atom_style      atomic
timestep        0.001
neighbor        0.2 bin
read_data       final.lmp
set             type 1 type/ratio 2 0.33 8793
set             type 1 type/ratio 3 0.5 56332
write_data      Fe-Ni-Cr.data

步骤三：Ovito渲染

此处不对ovito渲染做详细介绍，这部分可在我上期内容中找到

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行文总结：

计算模拟最怕一个默默在摸索，不仅耗时费力，而且对身心都是打击，找到这方面的人进行请教交流学习是
最快的入门选择。
对那些一个人默默的摸索模拟的家人们，欢迎家人你们回家！

QQ群：489593843
祝大家科研顺利，生活有滋味！
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青山行客
2022.09.30
国庆快乐！