lammps_jiayou的博客

模型分为三部分，最左侧为石墨烯板，中间为CO2、右侧上下壁面为SiO2、通道内部为辛烷（联合原子建模，不含H）。可以使用ms、packmol、moltemplate等软件分别对各部分单独建模，建模完成后在lammps中使用read_data命令组装到一起。CO2在页岩纳米孔隙中的置换驱替已经成为一项有效提高页岩油采收率的方法，因此，本文以CO2驱替SiO2纳米通道内的辛烷为例介绍此类模拟方法。弛豫完成后，设置左侧石墨烯板一个向右移动的速度，驱动CO2向右移动从而实现对狭缝内辛烷的驱替。

速度分布是流体模拟常用的一个计算，基本原理是先沿某方向对体系进行分块，然后统计块内原子的速度，组合输出后可得沿某方向速度的分布情况。首先把壁面原子在x方向受力设为0，然后使用velocity命令设置上下壁面沿相反的方向移动以产生剪切流动。

石墨烯具有优良的力学性能，少量的石墨烯掺杂到其他材料中能够较大幅度的提高基体的力学性能。石墨烯和金属的复合物（如Al、Cu）也是近年来的研究热点，每年发表的相关论文也很多。这篇推文主要复现单晶Al中插入一层石墨烯原子，研究压缩过程中石墨烯对基体强度的增强机制。正文后面附全部的lammps模拟in文件源代码。通过模拟结果可知，在压缩过程中，石墨烯能够有效的阻碍位错的扩展，从而提高基体的强度。具体模拟过程如下：（1）建立铝和石墨烯复合模型（2）设置混合势函数（3）对系统进行能量最小化（4）np.

原子在结合成稳定晶体的过程中，所释放出来的能量，称为晶体的结合能(binding energy)，也称为内聚能（cohesive energy）。分散的原子之所以能构成稳定的晶体，是因为原子之间存在一种将原子或分子结合在一起的力。经模拟计算，SiC的结合能约为6.16ev，其他材料的结合能也可参考本案例方法。多种原子构成的晶体可以按照同样的原理计算出结合能。公众号：lammps加油站。

lammps模拟拉伸通常有两种方法：fix deform拉伸和速度拉伸，这两种方法多用于盒子的整体变形。本文分享Simon Gravelle最新案例：lammps模拟水溶液环境中的聚乙二醇（PEG)拉伸。在本例中，PEG处于盒子中间位置，周围为水溶液环境，在PEG拉伸过程中，整个盒子的尺寸保持相对稳定。为方便大家学习参考，对in文件进行了注释。

rdf的数据一般是在lammps模拟中使用compute rdf命令计算出来，如果在模拟时没有写rdf代码，模拟完成后也是可以补救的。

本文介绍如何使用python ovito模块输出lammps模拟体系的角度分布。

默认的命令仅计算当前帧的键长分布，添加TimeAveragingModifier()可对所有帧的键长分布进行统计平均，最终的结果输出到bond-length-distr.txt文件。python ovito模块中有个BondAnalysisModifier功能，可以分析键长和键角的分布，和ovito pro版本的键角分析功能是一样的。

本文继续介绍使用python编程处理lammps模拟数据。在前面文章已经介绍python绘制应力应变曲线的程序。

Ovito CNA模块可以分析不同时刻的晶体结构，但是在ovito软件中的分析结果不方便直接绘图输出，因此本文给出一个python脚本，运行之后可以直接绘制不同晶体结构的比例图。

ovito DXA模块可以分析位错类型并给出了每条位错线的长度，可以通过导出分析结果的方法汇总位错线长度。这种方法比较繁琐，使用python小程序统计位错线就简单多了。

绘制应力应变的方法有很多，常规的做法是把数据文件拖入到origin绘图，还有一个简单的方法是使用python脚本，在模拟完成后，直接运行一下脚本就能得到应力应变曲线，可以快速的观察运行结果。

传统的摩擦过程中，磨头只能存在一种运动，在本案例中，磨头同时存在两种运动：旋转+直线运动。

下面以Cu融化模拟为例，分析融化过程中团簇的生成过程，模拟结果使用ovito color coding命令进行涂色显示，不同的团簇显示为不同的颜色。在一个group内，原子之间的距离小于一定距离时，可以认为这组原子时一个团簇。语法比较简单，cutoff就是截断半径，小于这个距离的原子被认为是一个团簇。每一个团簇被分配了一个id，同一个团簇内的所有原子，具有相同的团簇id。...

模拟的原理和石墨烯热导一样，在传热方向设置一个热源和一个冷源，在热源持续输入热量，在冷源持续抽走热量，由此产生温度梯度，模拟完成将热流和温度梯度等参数带入公式即可算出热导率。本文介绍的案例来自lammps官方案例，对应的参考文献为：http://arxiv.org/pdf/1507.07081。在之前的石墨烯热导模拟案例中，通过郎之万方式输入热量，使用这种方法，需要根据输入的热量计算热流。这个命令可以直接设置热流大小，不需要再画热量曲线求斜率，因此，相对简单。关于热导率的模拟，公众号已经有好几个案例分析。

抛砖引玉给大家提供一个思路，省略了弛豫过程以及撞击后的数据采集过程，有兴趣的可以添加撞击之后基体的应力分布、温度分布、球体的能量损失等等。本案例采用velocity速度冲击法，金刚石小球高速撞击Si基体，撞击后在Si表面留下一个撞击坑。lammps模拟喷丸过程的方法比较多，比如速度冲击法、fix deposit沉积法等。在测试中发现，使用不同的势得到的结果完全不同，大家有兴趣的可以换不同的势测试对比一下。原理基本类似，给球体一个特定的速度撞击基体。公众号：lammps加油站。...

但是lammps常规模拟中，nvt/npt/nve系综要求保持原子数目不变，box内的原子数是固定的，如果有原子飞出box，会提示原子丢失，lammps会自动中止模拟。在类似的水蒸发模拟中，常见的模拟过程是水分子蒸发后仍然保留在模拟盒子内，如果能够实时删除蒸发的水分子，效果会更加逼真。这个命令可以实现在模拟过程中删除进入到特定区域内的原子或者分子，从而实现类似蒸发的效果。从图中可以看出，随着模拟的进行，原子数量越来越少，说明该命令效果非常好。下面给出全部in文件，方便大家参考。大家好，我是小马老师。...

本文介绍atomsk多相材料建模。在之前教程中，介绍过atomsk建立多晶材料，这种材料只含有一种fcc相。如果材料中含有多种相，比如fcc和bcc相，就需要特殊的处理方法。基本的原理是先建立其中一个相的多晶模型，删除一部分晶粒，然后用另外一种相填充被删除的空间，从而组合为多晶多相材料结构。下面以Cu（fcc）和W（bcc）组成的多相材料为例，介绍具体建模方法，具体过程见atomsk官方案例。1.新建多晶节点文件和多晶建模方法一样，首先新建一个polycrystal.tx...

本文介绍原子平动和振动的设置方法。lammps命令中，fix move命令功能很强大，可以控制原子的移动和转动，也可以根据用户自定义的公式设置原子的运动方式。用到的关键词为variable，设定一个随时间变化的variable变量，就可以控制原子按变量进行移动。语法为：后面6个参数中，前三个控制原子位移，后三个控制原子速度，如果不需要单独控制，则需要设置为NULL。下面以金刚石球为例，设置球沿x方向平移，并且在平移过程中，沿z轴上下振动。需要定义两个变量：x和z。沿x方向移动变量比较简单，随步

大家好，我是小马老师。本文继续介绍lammps模拟薄膜过滤的案例代码。在前面推文中，已经介绍了模型的建模过程。薄膜建模方法模型经过minimize能量最小化之后，进入弛豫阶段。因弛豫阶段代码较长，不再一一介绍各部分代码的功能，仅对代码中的几个比较重要的功能进行详细介绍。（1）薄膜固定及活塞墙的加压控制在模拟过程中，过滤薄膜不能移动，使用fix setforce命令对其进行固定。fix mysf1 membrane setforce 0 0 0活塞墙在y、z方向需要固定，在x方向允许移动

大家好，我是小马老师。本文介绍lammps模拟后处理中速度云图的绘制方法。在lammps中，云图的绘制应用较多，如应力、密度、温度、速度等等，绘制方法基本一致。ovito可以根据单原子的参数绘制云图，但是总体效果不是很理想，因为原子之间的量相对离散，绘制出来之后得到的图像过度不平滑。参考有限元的思想，把整个体系划分为若干个小的单元，一个单元可包含多个原子，计算单元的量（如温度、速度），以此进行绘图，得到的图像就会想的比较平滑。compute chunk/atom命令可把体系划分为若干个单元（chu

大家好，我是小马老师。本文分析lammps模拟金属液滴润湿的案例代码。在之前的推文中，介绍过铜界面润湿水的案例，最近一段时间，不少粉丝朋友咨询金属液滴的润湿，润湿原理差不多，本文以Cu液滴在SiC基底上的润湿为例，介绍金属液滴润湿案例模拟方法。以此案例为基础，可以模拟其它金属液滴的润湿，替换模型和力场参数即可。1.建模SiC的建模方法有很多，可以下载sic.cif文件，导入ms或atomsk中进行正交化和扩胞，转成data文件即可。Cu液滴可以在SiC建模时同时建立，也可以在in文件中导入SiC

本文介绍金刚石与高熵合金AlCoCrFeNi摩擦的案例。在之前的文章中，介绍过使用fix indent命令实现虚拟球的摩擦，本文介绍使用金刚石实体球实现高熵合金摩擦的方法。主要的模拟过程如下：（1）基体建模建使用原子替换法获得高熵合金初始模型，升温到3000K驰豫后，冷却至300K，获得平衡组织。（2）摩擦球建模在高熵合金平衡组织的模型中添加金刚石摩擦球，使用change_box命令扩大box尺寸，添加金刚石摩擦球，并设置混合力场。（3）摩擦过程摩擦球下压一定深度后，沿y方向进行摩擦，摩擦

高熵合金力学性能模拟包括拉伸、剪切、摩擦等模拟，本文以高熵合金FeNiCrCoCu为例介绍高熵合金建模及拉伸过程模拟。FeNiCrCoCu原子数量比为1:1:1:1:1高熵合金的拉伸与单晶拉伸过程类似，主要包含以下步骤：墨迹晕染分割线建模高熵合金含有原子类型较多，建模时，一般以含量最多的原子为主建立初始模型。使用set type/ratio或者set type/fraction的方式按一定比例替换为其它合金原子。如随机选择20%的原子1，将其转换为原子2：set type 1 type

本文介绍一个Fe原子辐照多层石墨烯的案例。辐照模拟是指一个或多个原子以较高的速度与另一物体发生碰撞，造成被撞击物体损伤。因为原子速度较高，因此在模拟时需要合理地设置模拟步长，并根据不同体系在模拟过程中随时调节步长。主要模拟过程有以下几步：建模为防止丢失原子错误，模型采用较大的一个box，边界条件为固定边界。使用lattice custom命令在box中间创建多层石墨烯。使用create_atoms命令生成一个Fe原子。力场设置本案例力场为混合力场，石墨烯为lammps自带的air

在lammps中实现摩擦模拟有多种方法，可以在工件表面设置摩擦球以一定的速度移动，也可以加载一个虚拟的弹簧拉动摩擦球。还有一个方法可以实现摩擦模拟：使用fix indent命令。我们都知道，fix indent命令可以用来模拟纳米压痕，比如在垂直于工件的表面施加力可以把一个虚拟球压入工件表面，实现纳米压痕的模拟。对fix indent代码加以改动，也可以实现纳米摩擦的模拟。本文以Al为例演示fix indent纳米摩擦模拟，fy与fz的比值即为摩擦系数。in文件代码：#初始模拟系统设置un.

本文介绍高熵合金FeNiCrCoCu纳米压痕的案例代码。主要模拟过程：建模FeNiCrCoCu合金比例为1:1:1:1:1，以Fe晶格为基础建立基体，使用set type/ratio命令按比例替换为其他原子。需要注意的是set type/ratio为lammps新命令，在老版本的lammps中可能无法识别，如果提示set type/ratio命令错误，安装新版本lammps即可。合金化过程FeNiCrCoCu合金模型建好之后，可进行3000K的高温融化，随后冷却至室温300K，充分驰豫

圆锥形SiC纳米磨削单晶硅源代码