FeCoNiCr高熵合金弛豫的Lammps的in文件构型模板

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例对应Lammps来说，in文件是它的灵魂，只有in文件才能进行lammps的运行。
接下来将介绍Lampps文件的基本框架，此处以FeCoNiCr高熵合金弛豫构型为例。

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前言

例如：随着材料的不断发展，传统的试错法越来越难以满足新材料的研发效率，计算材料学这门技术也越来越重要，而分子动力学因其模拟功能强大以及可视化，能对晶界，位错以及原子等信息进行模拟，并且分子动力学相对容易上手，所以很多人都开启了学习分子动力学，本文就介绍了分子动力学的基础内容。

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提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

一、in文件是什么

In文件决定分子动力学模拟的结果，没有in文件就没有模拟。

二、In文件的基本框架

1.初始化（单位，边界条件，模型结构维度，全局常量的设置）

代码如下（示例）：

units		metal       #单位制
dimension   3           #维度
boundary    p p p       #边界条件
atom_style	atomic

2.模拟区域信息设置（晶体结构类型，参数，构型形状，大小，构型的原子组成）

代码如下（示例）：

lattice		fcc 3.6149
region	box1 block 0 15 0 15 0 15
create_box	4 box1      #设置原子种类
create_atoms	1 region box1   #向模拟区域添加原子

2.1 原子的转换（不同原子比例的转换）

set     type 1 type/fraction 2 0.25 87393
set     type 1 type/fraction 3 0.3333 87393
set     type 1 type/fraction 4 0.5 87393

2.2 原子种类的注释（不同原子质量信息以及编号）

mass		1 55.845        #Fe
mass		2 51.996        #Cr
mass		3 58.693        #Ni
mass		4 58.933194     #Co
```c
代码如下（示例）：

以上的功效相当于实验中的配料

#输出原子初始结构

write_data 	chushi.data 

3.势函数/力场设置（势函数的选择，势函数文件准备）

代码如下（示例）：

pair_style  eam/alloy
pair_coeff  * * FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy Fe Cr Ni Co

4.动力学设置（初始温度/速度，运行时间）

timestep    0.001
velocity     all create 300 12345 

5.弛豫设置（加热温度，加热时间）

fix              1 all npt temp 300 300 0.1 iso 0 0 0.1

6.模拟过程的输出信息设置（步长，形变量，压力，能量，温度等）

thermo      1000
thermo_style        custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp

7.最终构型的输出信息设置（原子坐标，.Lammps文件）

dump            1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type  x y z  
dump_modify     1  sort  id

8.运行步数设置（模拟的次数）

run     20000

总结

以上基本上囊括了分子动力学in文件的主要框架，此外下面将介绍一个更具有泛化性的框架给大家。

#in文件模板
#----------1 模拟参数--------------------
units           metal
boundary        p p p
atom_style      atomic
timestep        0.001
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 5 check yes

#----------2 体系模型的建立----------------
variable        xbox index 100         
variable        ybox index 100         
variable        zbox index 100         

region          simulationbox block 0 ${xbox} 0 ${ybox}  0  ${zbox}  units box   
create_box      1 simulationbox    
     
lattice         fcc 3.61
region          cu  block ${xstbox} ${xtbox} ${ystbox} ${ytbox} ${zstbox} ${ztbox} units box 
create_atoms    1 region cu         
mass            1   64     

#输出原子初始结构
write_data 	test.data                    

#----------3 力场的设置-------
pair_style 	eam/fs
pair_coeff 	* * Cu.eam.fs Cu
#----------4 能量最小化-------
thermo		100
thermo_style	custom step press pe temp ke
dump		1 all atom 100 mini.lammpstrj
min_style	cg
minimize	1e-15 1e-15 5000 5000
undump		1
reset_timestep	0

#-----------5 温度初始化--------
velocity	all create 300 321456 rot yes dist gaussian 

#-----------6 弛豫-------------
thermo		100
thermo_style	custom step press pe temp ke
dump		1 all atom 100 mini.lammpstrj
fix		1 all nvt temp 300 300 0.1 
run		10000
unfix		1
undump		1
reset_timestep 0
#-------7 具体模拟设置-------
thermo		100
thermo_style	custom step press pe temp ke
dump		1 all atom 100 mini.lammpstrj

fix		1 all npt temp 300 300 1 y 0 0 1 z 0 0 1 drag 1
variable	srate equal 1.0e10
variable	srate1 equal "-v_srate / 1.0e12"
fix		2 all deform 1 x erate ${srate1} units box remap x
run		100000

例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了In文件的基本框架，以高熵合金弛豫为例子给大家进行介绍。

下一步计划

明天要掌握WC参数的获取，拉伸模型的重构，WC+拉伸模型的融合
感谢瑾玥，雯玥师姐的帮助
2022-07-15