本地BLAST操作及脚本

BLAST下载和基因数据获取

因为没有实操经验，就不做过多介绍了

有需要的可以去link中查看

制作blast数据库

首先，先尝试对单个材料进行建库操作

下载下来的序列数据都为.gz的压缩文件，需要首先对其解压

mkdir XX #先随便创建一个文件夹
makeblastdb -in ./xx.fna -out XX/xx -dbtype nucl

其中，xx为需要建库的材料

-in 即为输入的文件

-out 即为输出的文件

-dbtype 输入的序列类型

需要注意的是，在输出途径中，一定要为完整的 目录名/文件名

根据单个材料的代码，建立大批量建库脚本

（脚本为python脚本）

import os
files = os.listdir('./xx') #xx为待建库文件所在目录
for genome in files:
    db_name = genome.strip('.fna') #去除文件的后缀
    mdb = f"makeblastdb -in ./xx/{db_name} -out db/{db_name}/{db_name} -dbtype nucl"
    os.system(mdb)

代码成功运行后会在当前目录下简历一个为db的目录

如果想要指定目录位置，则在输出目录前指定途径