mol/sdf V2000分子 文件介绍与解释

已于 2023-09-19 19:23:03 修改
阅读量498 收藏
点赞数 1
文章标签： python ai
于 2023-09-19 19:18:30 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_51279476/article/details/133041748
版权

导读

看了很多博客，但对sdf/mol文件的内容包含哪些部分解释的不完整，所以自己参考了部分资料整理。

同样V2000版本的分子文件，内容包含也可能不一样，有的在键（Bond block）部分包含6列，有的在原子部分有些列定义了特殊的一些特征。
在这里插入图片描述

参考文献：

https://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file
https://chem.libretexts.org/Courses/University_of_Arkansas_Little_Rock/ChemInformatics_(2017)%3A_Chem_4399_5399/2.2%3A_Chemical_Representations_on_Computer%3A_Part_II/2.2.2%3A_Anatomy_of_a_MOL_file
https://depth-first.com/articles/2021/12/29/stereochemistry-and-the-v2000-molfile-format/
https://discover.3ds.com/sites/default/files/2020-08/biovia_ctfileformats_2020.pdf
https://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file

注：有些参考文献可能需要梯子才能访问

希哈的哈希
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
RDKit | 分子处理入门
DrugAI
09-13 4342
导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDrawing, DrawingOptions 修改分子默认显示 DrawingOpti...
ConvertMAS:ConvertMAS转换化学文件格式mol，mol2和sdf。-开源
04-29
ConvertMAS-分子转换器； 用于转换化学文件格式。 它适用于mol，mol2和sdf文件。 它将单个文件转换为相应的格式。 它将具有多个分子的sdf文件拆分为任何所需格式的单独的单个文件。 ConvertMAS还会根据mol，mol2和sdf文件的连接来创建sdf文件。 这是独立的应用程序； 因此，无需互联网连接即可获得结果。 它将在更短的时间内生成输出文件。 各种在线工具可用于转换化学文件格式； 但是ConvertMAS主要有效地作用于mol，mol2和sdf。
化学分子sdf格式说明
blog
08-17 3326
Molfiles是包含单个化合物分子结构信息的文本文件。SDFs (structure data files)由一个至多个molfiles文件连接在一起组成，并含有关于化合物的其他信息。
SDF 文件格式说明
weixin_44853528的博客
06-23 1891
XXXXXX #分子名称 XXXXXX # 产生该文件的软件名称 9 8 0 0 0 0 0 0 0999 V2000 #第一二参数分别代表原子数量和键的数量 0.5369 0.9749 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 「 1.4030 0.4749 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2690 0.9749
Mol文件和SDF文件介绍
简单记录生活、学习
01-05 6491
Mol文件和SDF文件介绍
sdfv2000【SD卡恢复】
05-31
sdfv2000【SD卡恢复】
化学结构格式SDF的认识
热门推荐
DrugAI
09-04 1万+
第一行：一般作为分子名字，如 Levetiracetam 第二行：注释，ChemDraw06111413562D 第三行：一般是空行 第四行：是原子个数 键的个数等的起始行。 M END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行 (以四个美元符号结束一个分子的信息存储。) Levetiracetam ChemDraw0...
关于SDF介绍
hdpai2018的博客
10-27 6737
来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/kMwnIbuiTE-LsXGYQonedQ 简单来讲，SDF文件就是一个化学表格文件。 文件扩展名：.sd，.sdf。格式类型：化学文件格式 SDF是MDL开发的一系列化学数据文件格式之一；它专门用于结构信息。“ SDF”代表结构数据文件，而SDF文件实际上包装了molfile（MDL Molfile）格式。多个化合物由由四个美元符号（$$$$）组成的线分隔。SDF格式的一个功能是它包含关联数据的能力。关联的数据项表示
【python学习】批量读取Materials Studio的sdf文件，从文件中提取特定信息并按列存储在CSV文件
袁家瑜的博客
06-01 1978
Materials Studio在执行dmol3模块中结构优化任务时，任务结束后会产生一系列的输出文件，其中sdf文件中存储了结构优化后的结构总能量信息。我们在科研任务中可能需要执行很多结构优化任务，对这些任务结果进行批量处理非常重要，因此实现批量从sdf文件中提取出总能量信息非常重要。这能极大地提高我们处理数据的精度以及节省处理时间。 【实现结果】 首先我们来看一下sdf文件中的信息结构，例如以下文件： 这份sdf文件里面我们只需要提取出这段信息的-3732.25912662。可以发现这个数值是在TOTA
SDF和SPEF文件详解.pdf
10-27
sdf和spef文件详解
ZD550-Mid360的sdf文件
11-16
综上所述，ZD550-Mid360的sdf文件是Gazebo仿真环境中的核心元素，它与Linux操作系统相结合，为无人机的开发和测试提供了高效、安全的解决方案。通过 Livox Mid40 激光雷达等传感器的数据集成，开发者可以在虚拟环境...
去掉vs2010中ipch文件和.sdf文件的解决方法
09-05
在使用Microsoft Visual Studio 2010进行C++开发时，开发者可能会遇到两个特定类型的文件：ipch（IntelliSense Precompiled Header）文件夹和.sdf（Solution Database File）文件。这两个文件通常会占用相当大的磁盘...
用于虚拟筛选批量拆分sdf文件
01-07
将sdf文件拆分为单个pdb文件
使用Python的Turtle库绘制动态风车
爱写代码的小朋友
07-20 409
python绘制风车
随机数种子的作用
最新发布
帆的博客
07-23 660
设置随机数种子（random seed）的目的是为了确保随机数生成器在每次运行时产生相同的随机数序列，从而保证实验结果的一致性。随机数种子通过初始化随机数生成器的内部状态，使得在相同的种子值下，随机数生成器每次调用时生成的序列是相同的。
【Python如何将字符串连接在一起并使用`join()`方法】
qq_36253366的博客
07-19 458
方法是字符串对象的方法，而不是列表或元组等序列类型的方法。因此，你需要先指定一个用作分隔符的字符串，然后调用这个字符串的。方法将字符串连接在一起，你需要首先确保这些字符串被存储在一个序列类型中（如列表或元组），然后调用这个序列的。方法是一个字符串方法，它用于将序列（如列表、元组等）中的元素以指定的字符连接生成一个新的字符串。列表中的所有字符串元素使用空格作为分隔符连接成一个新的字符串。方法，并将你想要作为分隔符的字符串作为参数传递给。方法，并将包含要连接字符串的序列作为参数传递。
批量下载网易云音乐歌单的Python脚本
qq_43580271的博客
07-17 1350
同时，这也展示了如何利用Python在日常生活中解决实际问题的能力，希望这个小技巧对你有所帮助！
【Python 中的内存管理有哪些优缺点】
qq_36253366的博客
07-19 457
Python中的内存管理是一个复杂而高效的系统，它通过自动化和抽象化的方式极大地简化了程序员的内存管理负担，但同时也存在一些潜在的缺点。
移除设备/dev/md2 中的损坏磁盘/dev/sdf，应使用的命令是？
06-10
移除损坏磁盘/dev/sdf的命令，可以使用以下步骤： 1. 离线数组：为了避免数据的丢失，在移除磁盘之前，需要先将/dev/md2的阵列离线，使用命令：`mdadm --manage /dev/md2 --fail /dev/sdf --remove /dev/sdf`。 2. 确认离线：使用命令`cat /proc/mdstat`，查看/dev/md2的状态，确认/dev/sdf已经离线。 3. 卸载磁盘分区：使用命令`umount /dev/sdf*`，卸载/dev/sdf的所有分区。 4. 删除设备节点：使用命令`rm /dev/sdf*`，删除所有与/dev/sdf设备有关的节点。 5. 停止磁盘：使用命令`echo offline > /sys/block/sdf/device/state`，停止/dev/sdf磁盘的运行。 6. 取出磁盘：等待磁盘灯停止闪烁后，可以安全地将/dev/sdf磁盘从系统中取出。 注意：在执行上述命令时，请谨慎操作，确保已备份重要数据，以免误操作导致数据丢失。
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值