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RSS订阅原创 figshare 403 解决
科学上网，全局代理（智能代理不稳定）、IP位置选择新加坡（其他地方不稳定，美国，英国等都不稳定，很神奇）。是文献数据上传的常用网站，但是下载数据时经常打不开，解决如下。
2024-05-11 11:12:17
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原创 picard 提示空间不足
picard 在去重时，显示空间不足，查看了一下命令，是没有设置临时目录，而默认的临时目录在 /tmp， 这个目录所在的磁盘往往比较小。在命令中添加参数 -Djava.io.tmpdir ， TMP_DIR 即可。
2024-05-06 14:59:02
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原创 bamCoverage 空间不足的问题
使用deeptools 中 bamCoverage的时候，转bg 文件提示空间不足，但实际上磁盘空间是够的，原因是程序默认将临时文件放在 /tmp 下，而这个目录所在的磁盘空间很小。因为程序没有设置tmp目录的参数，所以只能自己修改系统环境变量中的tmp 文件路径。source ~/.bashrc 即可。
2024-05-06 14:54:01
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原创 homer 问题
具体原始不是很清楚，单独做每一个contig的分析也是OK的，所有contig 的放在一起做也是OK的，但是Chr 和contig 的放在一起做就有问题，不清楚是什么原因。R语言版本的说是染色体字符的问题，但是perl 版本的测试了不是这个问题。然后 knownResults 的结果为空，denovo的结果正常。在使用homer 做motif 分析时，报如下错误。去掉contig 的部分，即可正常运行。经过排查，发现是contig 问题。
2024-03-12 17:17:38
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原创 seqkit 使用
seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能..._刘永鑫Adam的博客-CSDN博客
2023-08-04 14:36:50
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原创 diffbind 使用
语言环境，R 4.3， Bioconductor 3.17，DiffBind 3.4.11，安装一般不会有太大问题。第一行是表头，主要配置样本名，重复信息，以及bam和peak的文件信息。diffbind 建议至少2组，每组3个重复，
2023-08-04 14:35:59
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原创 PBS-2
在很多情况下，我们需要提交大量相似的任务，比如大量样本的转录组数据分析，每个样本数据的分析流程都是一致的，提交的脚本中一般只有样本名字不同，那么如果对每个样本产生产生一个shell脚本，是非常麻烦的。xargs命令的作用是读入标准输入的内容并分行，对其中每一行的内容都执行相同的命令，在这里xargs读入了前面管道中qselect命令得到的某用户的所有作业编号，对于每个编号执行了qdel命令，起到了删除该用户名下所有作业的效果。我们可以通过-I选项提交一个交互式的作业，效果类似直接ssh登录到计算节点。
2022-10-21 15:02:57
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原创 PBS命令
比如物理系运行程序时一般输入的命令是 RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt ，那么配置文件可以。解释：也就是说把原来在终端直接输入的命令RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt 放到pbs 配置。为b：作业开始运行发信；命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]-a date_time ： date_time 格式为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]
2022-10-21 14:59:49
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原创 vm 固定IP，且访问外网
经过上述配置，本地主机可以联网，xshell可以连接虚拟主机中固定IP的centos7,centos7 也可以连接外网。win + R ,输入cmd，回车，输入ipconfig。4.配置本机虚拟网络适配器。
2022-10-20 09:47:32
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原创 maker 安装
maker先在Yandell Lab进行登记，然后下载"maker-2.31.11.tgz"tar xf maker-2.31.10.tgzcd maker/srcperl Build.PL然后安装依赖包，时间较长，可能会出错./Build installdeps./Build installexes./Build install./Build status...
2021-11-30 11:24:01
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原创 培训-linux 基础命令
重要命令vi部分三种模式 打开vi的两种方法vi与vim常用参数和快捷键Home，End，PageDown，PageUpG，nG，gg/word，?word，n，Ndd，ndd，yy，nyy，p，Pu，iw，w!，q，q!，wq，ZZsetnu，setnonu，setlist，setnolist%s///g，s///g~/.vimrc，~/.viminfo基础命令基础系统date，cal，bc...
2021-10-29 14:41:13
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原创 植物基因命名规则
OfHAG01 Of 属名首字母,桂花学名Osmanthus fragrans HAG 基因家族名 1 根据染色体，位置进行编号
2021-06-02 09:26:35
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原创 Python 100道练习题
1.题目：有四个数字：1、2、3、4，能组成多少个互不相同且无重复数字的三位数？各是多少？#!/usr/bin/python# -*- coding: UTF-8 -*- for i in range(1,5): for j in range(1,5): for k in range(1,5): if(i!=j and i!=k and j != k): print(i,j,k)2.题目：企业发放的奖金根据.
2021-02-19 17:10:26
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原创 pycharm基础配置
第三方库清华: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 豆瓣: http://pypi.douban.com/simple/ 阿里: http://mirrors.aliyun.com/pypi/s安装matplotlib 模块python -m pip install --upgrade pip （cmd） pip install matplotlib --timeout=1200 --index-url=https://mirrors
2021-02-19 17:08:01
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原创 Pycharm 模板代码设置
perl 语言#!/usr/bin/perl#yuzhang@ablife.cc 2018.8.9 v1#lncR cis actinguse strict;use Getopt::Long;my \$chrLen;my(\$down) = (10000);my \$help;GetOptions( 'chrLen=s' => \\\$chrLen , 'down=i' => \\\$down , 'help|h!' =>
2021-02-19 16:59:27
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空空如也
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