bamCoverage 空间不足的问题

已于 2024-05-06 15:05:42 修改
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分类专栏： 软件 文章标签： python
于 2024-05-06 14:54:01 首次发布
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在使用deeptools的bamCoverage时遇到空间不足错误，尽管磁盘空间足够。问题在于deeptools默认将临时文件存储在空间受限的/tmp目录。通过修改系统环境变量TMPDIR为其他有足够空间的路径（如/data/tmp），并更新.bashrc，可以解决问题。参考deepTools3.5.6文档中的常见问题解答部分。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

        使用deeptools 中 bamCoverage的时候，转bg 文件提示空间不足，但实际上磁盘空间是够的，原因是程序默认将临时文件放在 /tmp 下，而这个目录所在的磁盘空间很小。

        因为程序没有设置tmp目录的参数，所以只能自己修改系统环境变量中的tmp 文件路径。

        

mkdir -p /data/tmp

#修改  ~/.bashrc

TMPDIR="/data/tmp"
export TMPDIR

source  ~/.bashrc 即可

General FAQ — deepTools 3.5.6 documentation

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