picard 提示空间不足

最新推荐文章于 2024-09-09 23:49:04 发布
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分类专栏： 软件 文章标签： java
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picard 在去重时，显示空间不足，查看了一下命令，是没有设置临时目录，而默认的临时目录在 /tmp， 这个目录所在的磁盘往往比较小。

修改如下：

在命令中添加参数 -Djava.io.tmpdir ， TMP_DIR 即可。

java -Xmx2g -Djava.io.tmpdir=`pwd`/tmp -jar SortSam.jar SORT_ORDER=coordinate INPUT=input.bam OUTPUT=output.sort TMP_DIR=`pwd`/tmp

参考来源 Out Of Disk Space With Picard Tools ?

zgyu
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