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zgyu
这个作者很懒,什么都没留下…
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picard 提示空间不足
picard 在去重时,显示空间不足,查看了一下命令,是没有设置临时目录,而默认的临时目录在 /tmp, 这个目录所在的磁盘往往比较小。在命令中添加参数 -Djava.io.tmpdir , TMP_DIR 即可。原创 2024-05-06 14:59:02 · 175 阅读 · 0 评论 -
bamCoverage 空间不足的问题
使用deeptools 中 bamCoverage的时候,转bg 文件提示空间不足,但实际上磁盘空间是够的,原因是程序默认将临时文件放在 /tmp 下,而这个目录所在的磁盘空间很小。因为程序没有设置tmp目录的参数,所以只能自己修改系统环境变量中的tmp 文件路径。source ~/.bashrc 即可。原创 2024-05-06 14:54:01 · 164 阅读 · 0 评论 -
homer 问题
具体原始不是很清楚,单独做每一个contig的分析也是OK的,所有contig 的放在一起做也是OK的,但是Chr 和contig 的放在一起做就有问题,不清楚是什么原因。R语言版本的说是染色体字符的问题,但是perl 版本的测试了不是这个问题。然后 knownResults 的结果为空,denovo的结果正常。在使用homer 做motif 分析时,报如下错误。去掉contig 的部分,即可正常运行。经过排查,发现是contig 问题。原创 2024-03-12 17:17:38 · 347 阅读 · 1 评论