微生物学中的基本概念

**微生物(microorganism, microbe)**是一些肉眼看不见的微小生物的总称。包括属于原核类的细菌、放线菌、支原体、立克次氏体、衣原体和蓝细菌(过去称蓝藻或蓝绿藻)，属于真核类的真菌(酵母菌和霉菌)、原生动物和显微藻类，以及属于非细胞类的病毒、类病毒和肮病毒等。

**种群(population)**指同一时间生活在一定自然区域内，同种生物的所有个体

**共位群(guild)**在代谢关系上相关的种群

微生物群落(community):是指在一定区域里或一定生境里，各种微生物种群相互松散结合，或有组织紧凑结合的种群结构单位。多组共位群相互作用形成的群体。

微生物生态系统是各种环境因子如物理、化学及生物因子对微生物区系（及自然群体）的作用，以及微生物区系对外界环境的反作用

微生物组指的是包括微生物（细菌、古细菌、低等或高等真核生物和病毒）的基因组（基因），以及其周围环境在内的全部

元基因组(Metagenome) :某个环境中所有微生物的遗传物质。

代谢组学Metabolomics：用来确定给定菌株或单个组织代谢物特征的分析方法。给定菌株和单个组织内存在的所有代谢物统称为代谢组（metabolome）。大多数用来描述代谢组的平台包括核磁共振（NMR）、质谱(MS)与液相色谱(liquid chromatography)联合分离系统

Metatranscriptomics 宏转录组学：通过对微生物群落中的表达的RNAs (meta-RNAs)，采用进行高通量测序分析相应的meta-cDNA。这种方法可提供微生物组的调控和表达层面的整体信息

Metaproteomics 宏蛋白质组：指的是在特定时间、特定环境/临床样品中的整个蛋白质组的大规模描述

宏基因组（Metagenome）广义宏基因组是指特定环境下所有生物遗传物质的总和；狭义宏基因组是指特定环境样品中细菌和真菌的基因组总和。

16S rDNA测序:16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，主要用于细菌或古菌的多样性分析。

18S rDNA测序:18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，主要用于真核生物之间的种类差异。

ITS测序:主要用于真菌多样性分析，ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。