贝叶斯分析

1.在医学研究中应用广泛，除了肿瘤新药研发外，它在多个医学领域都有重要作用。
例如，在抗感染领域，贝叶斯方法可以用于评估临床试验的治疗效果和设计适应性试验，以及探究因素间的关系网络、分析疾病传播机制、预测患者患病风险以及检测不良反应信号等。
2.贝叶斯方法在处理不确定性、动态更新、结合先验知识等方面具有优势，有助于在样本量较小的情况下利用现有信息改善推断的准确性。
3.在药动学研究中，最大后验贝叶斯法则可以准确预测个体药动学参数，为个体化用药提供依据。
4.贝叶斯分析还为不确定因素提供概率分布，而不是简单的点估计，从而在一定程度上量化不确定性问题，更好地进行分析和决策。
5.贝叶斯方法可以处理**病原体种类繁多、参数复杂的模型，**通过分层因素和交互作用参数，灵活地建模这种人群异质性。
6.在临床试验设计中，贝叶斯自适应设计允许在试验过程中动态调整试验方案，利用累积的数据对预先设定的设计进行修改。贝叶斯临床决策分析是临床诊断的有力工具，它可以帮助医疗保健专业人员做出更好的决策。

brms进行贝叶斯线性混合模型分析

1. 加载R包

library(MCMCglmm)
library(vcfR)
library(brms)
library(rstan)
library(ggplot2)

2. 使用VCF文件中的基因型数据来进行贝叶斯分析

#假设你已经使用vcfR包读取了VCF文件并提取了基因型矩阵
library(vcfR)

读取 VCF 文件

vcf_file <- “A_HaplotypeCaller.g.vcf.gz”
vcf <- read.vcfR(vcf_file, verbose = FALSE)

提取基因型数据

genotype_data <- extract.gt(vcf)

3. 准备数据框

#将基因型数据转换为数据框，并添加表型数据和群体信息

假设你有一个表型向量 phenotype 和一个群体向量 group

创建示例表型数据，共151个样本

phenotype <- rnorm(151, mean = 0, sd = 1)

创建群体信息，Group1有50个样本，Group2有51个样本，Group3有50个样本

group <- factor(c(rep(“Group1”, 50), rep(“Group2”, 51), rep(“Group3”, 50)))

创建一个示例 SNP 因子变量，假设每个样本对应一个 SNP

由于我们有151个样本，我们需要确保SNP向量的长度为151

SNP <- factor(c(rep(1:10, each = 15), rep(1, 1))) # 假设有10个SNP，每个SNP有15个重复，最后一个SNP有1个重复以匹配151个样本

创建数据框

data_frame <- data.frame(phenotype = phenotype, group = group, SNP = SNP)
library(brms)

设置模型

model <- brm(
phenotype ~ group + (1 | SNP),
data = data_frame,
family = gaussian(),
iter = 10000,
warmup = 2500,
chains = 4,
cores = 4,
seed = 123
)
model <- brm(
phenotype ~ group + (1 | SNP),
data = data_frame,
family = gaussian(),
iter = 2000, # 减少迭代次数
warmup = 500, # 减少烧入期迭代次数
chains = 2, # 减少链数
cores = 2, # 减少使用的CPU核心数
seed = 123
)

查看模型摘要

summary(model)
#phenotype 是你的表型数据，group 是一个因子变量，表示样本所属的群体。(1 | SNP) 表示每个 SNP 的随机效应。
Sys.getenv(“PATH”)

Sys.setlocale(“LC_CTYPE”, “English_United States.1252”)
capabilities()
version
R.version
sessionInfo()
system(“gcc --version”)
system(“make --version”)

合理的创建标题，有助于目录的生成

直接输入1次#，并按下space后，将生成1级标题。
输入2次#，并按下space后，将生成2级标题。
以此类推，我们支持6级标题。有助于使用TOC语法后生成一个完美的目录。

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如何插入一段漂亮的代码片

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// An highlighted block
var foo = 'bar';

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• 项目
  • 项目
    • 项目

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3. 项目3

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一个简单的表格是这么创建的：

项目	Value
电脑	$1600
手机	$12
导管	$1

设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列	第二列	第三列
第一列文本居中	第二列文本居右	第三列文本居左

SmartyPants

SmartyPants将ASCII标点字符转换为“智能”印刷标点HTML实体。例如：

TYPE	ASCII	HTML
Single backticks	'Isn't this fun?'	‘Isn’t this fun?’
Quotes	"Isn't this fun?"	“Isn’t this fun?”
Dashes	-- is en-dash, --- is em-dash	– is en-dash, — is em-dash

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Authors

John

Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。¹

注释也是必不可少的

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KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 $\Gamma (n)=(n-1)!\forall n\in \mathbb{N}$ 是通过欧拉积分

$$\Gamma (z)={\int }_0^{\infty }{t}^{z-1}{e}^{-t}dt.$$

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式here.

新的甘特图功能，丰富你的文章

• 关于 甘特图 语法，参考 这儿,

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：

这将产生一个流程图。:

• 关于 Mermaid 语法，参考 这儿,

FLowchart流程图

我们依旧会支持flowchart的流程图：

• 关于 Flowchart流程图 语法，参考 这儿.

导出与导入

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1. 注脚的解释 ↩︎