作者,Evil Genius
我们课上没有讲解SPATA2,这一篇文章我们来补充
目前SPATA2 已经升级到3.0,更新了很多的分析方法,包括HD,我们先来感受一下分析上的更新
CNV
HD分析
今日参考文献
空间转录组的核心分析点之一:识别关键的组织形态生态位
空间基因表达梯度
结果1、DEA( differential expression analysis )预测具有空间依赖性的基因表达是不可靠的
空间基因梯度分析优于区域差异基因
空间基因梯度识别空间区域相关的空间基因表达模式,为新的见解铺平了道路。
结果2、空间转录组学研究中基因表达混杂因素的鉴定
空转分析肿瘤样本由于其异质性和混沌性,使得聚类算法难以识别最佳空间区域,识别标记基因和空间niche。