空间课程汇总

作者，Evil Genius

有人举报，不让上课，不让分享课程，不让收学员，我把内容全部汇总出来，大家如果有需要备一份，万一敌对势力强大，不得不屈服，也是没办法的事。

2024年课程从6月22号开始上第一节课，8月21号上最后一节，视频全部上传到了B站，B站名字七夜听雪ii，连接在七夜听雪ii的个人空间-七夜听雪ii个人主页-哔哩哔哩视频。

没办法，视频如果举报有下架的风险。

B站从最开始的单细胞分析课程，到如今的系列多组学课程，一共70个视频。

2024年全系列课程表，略有改动，包括单细胞六课，空间22课，2节汇总课程，空间包括Visium、HD、Xenium。

第一课:单细胞联合突变信息分析

第二课:单细胞数据分析之新版 velocity

第三课:单细胞数据分析之 CNV 聚类

第四课:单细胞通讯分析大汇总(cellphoneDB、NicheNet、CellChat)

第五课:单细胞联合 VDJ分析

第六课:单细胞联合 ATAC 分析

第七课:空间转录组整合分析与形态学判定(空间注释)

第八课:单细胞空间联合分析(cell2location)与区域细胞富集

第九课:空间细胞类型共定位与细胞通路同定位

第10课:单细胞空间联合分析之 MIA

第 11 课:空间生态位通讯与 COMMOT

第 12 课:空间转录组之分子 niche 与细胞 niche

第 13 课:空间网络(基因、细胞、通路网络)

第14课:空间转录组微生物的检测运用

第 15 课:空间 VDJ(暂定)

第 16 课:空间 CNV burden 与 CNV 聚类

第 17 课:空间邻域分析(banksy、CellNeighborEx)，分子邻域与细胞邻域

第 18 课:空间转录组 hotspot

第 19 课:空间细胞“社区”(空间细胞“unit”)

第20课:空间基因梯度

第21课:空间转录组的活性空间域

第 22 课:空间转录组之 velocity

第 23 课:空间轨迹

第24课:细胞邻域特征评分(异型细胞网络)

第25课:空间分子生态位差异分析

第 26 课:高精度 HD 平台数据分析框架

第 27 课:高精度 HD 平台分析内容与 niche

第 28 课:Xenium 分析框架

第29 课:原位数据细胞分割导论

第 30 课:Xenium 生态位分析与微环境分析

2023年全系列空间课程表，也略有改动。

空间基础处理（Seurat）

空间多样本联合分析（Seurat）

空间基础处理（scanpy）

单细胞空间联合分析（Seurat）

单细胞空间联合分析（cell2location）

单细胞空间联合分析（RCTD）

单细胞空间联合分析（MIA）

空间转录组通讯分析（stlearn）

空间转录组通讯分析（COMMOT）

空间转录组轨迹分析（SPATA2）

空间转录组CNV分析（SPATA2、siCNV）

空间转录组富集分析（GSVA、包括marker的富集打分）

空间转录组高级绘图（细胞共定位、饼图、空间密度图）

空间转录组高级绘图（细胞类型方向图、区域细胞密度气泡图）

空间转录组绘图（配受体空间分布、配受体共定位、细胞定位近邻热图）

空间转录组细胞聚类

空间转录组细胞共定位

空间转录组细胞网络（cell degree）

空间轨迹（SPATA2）

空间基因开关

空间轨迹向量场

空间文章复现

还有很多单细胞的课程

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