文献分享---mapping人类和小鼠肺纤维化的空间转录组

作者，Evil Genius

今天有人问我失恋了怎么办？我真的服了，你们这届粉丝真的难带。

让你心理平衡一点，我这在天津上班的时候，被踹了，后来去了上海，也没成，现在回家相亲来了，从女流氓到女强人，算是都见过了，30多了，一事无成。失恋了问我怎么办，用陈正康（考研英语知名讲师）的话讲，失恋了去背单词~~~

今日参考文章

知识积累

特发性肺纤维化（IPF）是一种进行性肺部疾病，预后差，治疗方案有限。

特发性肺纤维化（IPF）是一种慢性肺部疾病，以进行性和不可逆的肺部瘢痕形成为特征。

IPF发病机制的最新进展揭示了复杂的基因-环境相互作用是关键的病理生理驱动因素.

结果1、健康和IPF人肺的空间转录组图谱（Visium）

数据反卷积识别结构和细胞类型，非负矩阵分解（NMF），每个因子都由共变基因的表达驱动。

单细胞空间联合分析---Cell2location（高分标配）

结果2、因子活性揭示通路和细胞相互作用

NMF因子的空间分布以及每个因子的生物学活性。

结果3、IPF中AbBa生态位的表征

分析因子活跃性位点（F14），亚群分析，可能反映了IPF肺纤维化生态位内不同的成纤维细胞表型，核心目的在于分析细胞类型亚群的空间分布状态以及微环境。

结果4、AbBa微环境中的串扰和信号

基质重塑和纤维化相关基因随着与F14hiC0的距离增加而下降，表明AbBa细胞周围的纤维化活性升高(空间距离分析)。

与肺泡功能和免疫反应相关的基因（如SFTPA2、SFTPC和SLPI）在C0中的表达低于其邻域环境。

niche与邻域的互作分析，空间通讯分析保留了空间的方向性（SFRP2（一种WNT信号调节剂）的表达明显源自邻近的成纤维细胞簇，暗示（肌）成纤维细胞、alveolar epithelial和AbBa细胞之间潜在的自分泌和旁分泌WNT信号。预测的配体载脂蛋白E（由APOE编码）在巨噬细胞集群中高度表达，暗示了邻近巨噬细胞群体的单核细胞来源和m2样谱）。

结果5、肺纤维化小鼠模型的空间转录组学研究

BLM小鼠模型是最成熟的肺纤维化临床前模型。

小鼠肺纤维化基因表达及细胞组成的比较分析

再生特征揭示了小鼠BLM诱导的纤维化中不同的上皮反应（NMF分析）

结果6、纤维化微环境的Translation

人IPF和小鼠BLM模型的反应对比。

肺纤维化的免疫细胞动力学。

IPF肺的肺泡细胞再生与BLM模型中的主动修复，以及不同的信号分子，如TGF-β， APOE， YAP1和TEAD，以及免疫细胞存在的差异。

方法上需要关注的地方

1、NMF

2、空间距离分析

3、空间通讯分析

关于空间的NMF分析，距离分析实战，我们后续分享。

生活很好，有你更好