【生信Linux基础3】文件查看、搜索&cut命令

输出、查看命令

cat 显示文件内容

zcat 打开压缩文件

head 显示文件前几行（默认10行）

        -n 显示指定的行数

tail 显示文件末尾几行（默认10行）

        -n 显示指定的行数

more 用于翻页显示文件内容（只能按空格向下翻页，按q退出）

less 用于翻页显示文件内容（按上下键可上下翻页）

       -S 不换行（左右键查看一行）

-N 加行号

wc 统计行数、单词数、字节数

wc -l 统计行数

less 命令：

http://t.csdn.cn/WcpXy

grep命令搜索筛选

grep " "  #用于过滤/搜索特定字符

grep -c " " #计算符合样式的列数-count

grep -v " "  #显示不包含匹配文本的所有行-revert match

grep -i " "  #忽略大小写

Cut按列分隔文件

cut -f 3 file_name ＃提取该文件第三列(默认分隔符为Tab键)

cut -f 1 -d " " file_name ＃提取该文件第1列(指定分隔符为空格键)

cut -f 1,2,3,4 -d " " file_name ＃提取该文件第1-4列(指定分隔符为空格键)

cut -f 1-4 -d " " file_name ＃提取该文件第1-4列(指定分隔符为空格键)

cut -c2-10 file_name ＃提取该文件第2-10个字符

cut -c2-10 file_name ＞newfile_name ＃提取该文件第2-10个字符到newfile_name这个新文件

cut -c2,10 file_name ＃提取该文件第2和第10个字符

查找命令find——用以高级查找文件，目录

find 查找位置 查找参数

如：

find . -name *fastq*

find / -name *.conf

find ./ -name "*fa"

find 绝对路径 -name "*fa"

找到当前路径下所有以fa结尾的文件

获取帮助

man 命令

命令 -h

命令 -help

linux命令大全网址：http://man.linuxde.net/